01_简介_02_数据库检索_2013-2概要.ppt

2.3 基因组数据库 收集并贮存各种生物完整基因组染色体的DNA序列、结构及功能注释的数据库。 主要包括NCBI的Genome数据库，EBI的Genome Reviews数据库以及加利福尼亚大学圣克鲁斯分校的UCSC基因组数据库。 2.3.1 NCBI的基因组数据库 /genome 该数据库目前已收集了6000种以上物种的基因组的完整染色体序列图谱、遗传图谱和物理图谱，分为古生物、细胞、真核生物、病毒、类病毒和质粒六大类群。 2.3.2 EBI的基因组浏览数据库 2.3.3 UCSC基因组浏览器 点击“Genomes”，进入“定位”检索方式。 点击“Blat”，进入“序列比对”检索方式。 点击“Tables”，进入“表单”检索方式。 “表单”检索的参数选择： clade —— 进化分支； genome —— 物种； assembly —— 版本； group —— 数据组织类型，默认为“genes and gene prediction tracks”； track —— 数据检索方式，默认为“USCS tracks”； table —— 输出数据表，默认为“knownGene”； output format —— 数据输出格式； output file —— 输出文件名。 点击“get output”下载基因组数据。 2.4 蛋白质序列数据库 早期的蛋白质序列数据库主要有：由N