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互作分析 定义 研究基因-基因、基因-环境间交互作用 成功案例 老年黄斑变性、帕金森病、直肠癌、膀胱癌，哮喘等 * 互作分析 分析步骤 选择显著及近似显著SNPs 选择风险环境因素 构建互作模型 多因素分析 常用软件 PLINK、Random Jungle、BEAM等 * 其他策略 两阶段法 精细定位/目标测序 表型/性状联合 单倍型分析 * 遗传变异的检测 SNP芯片 Affymetrix: 500K chip (Randomly distributed) Illumina: 550K chip (gene-based) 高通量测序 Illumina/Solexa: DNA-seq, RNA-seq * 高通量测序 Next-generation sequencing (NGS) 平行测序 * SNP分型：coverage variant frequency * 参考基因组序列 个体正向序列 个体反向序列 遗传变异的种类 * 遗传变异的数量 “千人基因组计划”（Nature 2012） SNP: 38M InDel: 1.4M SV: 14K * 效应大小 vs. 变异频率 * * 家系病例或极端性状个体 Nat Rev Genet. 2010 Jun;11(6):415-25. * 外显子突变是孟德尔疾病主要病因；多向性效应影响复杂疾病 价格相对低廉 目前主要用于检测孟德尔疾病 新的策略或方法：Lasso，折叠法，聚合法 外显子组测序 * Lasso 岭回归: |beta|2t Lasso回归: |beta|t 贝叶斯: 全概率损失函数 机器学习: SVM * 低覆盖度测序+缺失基因型填充 * Pasaniuc et. al., 2012 策略评估 Pasaniuc等证实覆盖度低至0.1-0.5X依然可以通过后续的填充方法获得高密度芯片的效果 * 策略评估（续） Howie等发明了一种pre-phasing的填充方法，该方法通过对GWAS样本个体进行连锁相构建，进而利用参考库的单倍型进行缺失基因型填充 * NGS-GWAS 水稻农艺性状14种 运用重测序技术对517个中国水稻地方品系进行进化及GWAS分析 ~1X重测序 KNN基因型填充算法 MLM遗传模型 Nat Genet. 2010 Oct; 42: 961–967. * 高密度芯片 低覆盖度测序 基本特点 芯片基于正常人群中的高频SNP标记设计，没有与疾病相关的突变信息 可以同时检测到人群中的高频SNP和未被发现的低频突变 最高分辨率 根据不同的芯片型号，一般在30-100bp 精确到单个碱基 覆盖范围 只能局限于芯片内容，无法获得全部基因组信息 仅受到能够定位到基因组的reads数据量影响，可获得全基因组的信息 技术原理 杂交原理，实验环境和样本对实验重复有很大影响 合成测序，重复性好 动态量程 弱信号被舍弃，强信号会饱和 没有局限 数据产出选择 不可以 可以 背景噪音 高 低 数据延展性 随着人类基因组的进一步完善，测序数据可以进一步深挖 高密度芯片 vs. 低覆盖度测序 * 测序成本 * GWAS: Array-based vs. NGS-based * 基本流程 高通量测序基因分型： CLC Genomics Workbench Server BWA/Bowtie + SAMtools/GATK + IGV 全基因组关联分析： PLINK，TASSEL，QTDT/FBAT BEAGLE/IMPUTE + SNPTEST 可视化和注释： IGV/gPlink + ANNOVAR/Annotation.pl * GWAS模块 * 植物育种 动物育种 人类疾病 TASSEL QTDT FBAT PBAT PLINK SNPTEST MENDEL BEAM IMPUTE BEAGLE METAL HAPLOVIEW FASTSNP Linux C/C++ R Perl Python MySQL 应用 药物治疗 抗抑郁药、精神疾病药物、丙型肝炎治疗，肝损害等副作用，为个体化医疗奠定理论基础 意义 中国每年因药物不良反应住院治疗的病人已逾250万人，其中约20万人因此死亡，个体化医疗势在必行 * 丙型肝炎治疗 丙肝 全球1.7亿人感染的病毒性疾病，无根治办法，治疗效果因人而异 IL28B基因 TT基因型携带者痊愈率约1/4；CC基因型携带者痊愈率达4/5 09年GWAS最具价值成果 正在美国申请专利 * 应用 动植物育种 在牛猪鸡、