IAA基因家族的生物信息学分析.pdfVIP

中 国 瓜 菜 试验研 究 基因家族的 生物信息学分析 王 垒，陈劲枫，贾 利 (作物遗传与种质资源创新国家重点实验室．南京农业大学园艺学院 南京 210095) 摘 要 ：Aux／IAA基因家族是一个典型的被生长素诱导而表达 的基 因家族 ．可以被生长素快速诱导表达 采用 生物信息学方法在黄瓜基因组中确定了28个Aux／IAA基因，除4号染色体外 ，其他 6条染色体均有分布，编码蛋白 序列在 70～427个氨基酸残基之 间．22个黄瓜 Aux／IAA蛋 白具有完整的 4个保守结构域 ．进化方式多样化 该研 究 结果有助于黄瓜生长素信号转导途径的解析 关键词 ：黄瓜 ：生长素 ：Aux／1AA BioinformaticAnalysisoftheAux／IAA GeneFamilyinCucumber WANGLei，CHENJin—feng，JIALi (StateKeyLabouaoryofCrop GeneticsandGermpl~m Enhancement，CollegeofHorticulture，NnajingAgriculturalUniversity， Nanjing，Jina~u，210095，China) Abstract：Aux／1AA genesaretypicalgenefamilyinduced byauxin．Theirexpressioncanbeinducedrapidlybyauxin． Weidentified28Aux／lAA genesbyusingbioinformaticsmethodsinthecucumbergenomedatabase．Theyaredisuibutedon the6chromosomesexceptonthe4thof7chromosomesofcucumber，theirencodingproteinsequencesarebetweenthe70— 427aminoacidresiduesand22cucumberAux，IAA proteinshavefourcompleteconserveddomains．whichshowedtheir evolutionarydiversification．Thestudywillnotonlyhelpauxinsignaltransductionpathwayanalysis，butalsoprovidesa referenceforcreatinggermplasmresourcesofcucumberbygeneticengineering． Keywords：Cucumber；Auxin；Aux／1AA Aux／lAA基 因家族是对生长素诱导做出早期响 共分离了3个Aux,qAA基因 2009年底黄瓜基因 应的3类基因家族之一fll生长素诱导会使Aux／IAA 组测序 的完成_7J．将会推进黄瓜 Aux／IAA基因家族 基因的表达量瞬时升高 ．进而对生长素信号网络中其 研究的深入开展 他基因的表达进行调控 (正调控 ／负调控) Aux／IAA 笔者利用黄瓜基因组数据库采用生物信息学方 基因家族是生长素信号转导通路的重要调节因子 法 ．对黄瓜全基因组的Aux／IAA基因序列进行 了分 Aux／IAA蛋白具有 4个保守结构域 ．DomainI 离与序列特征及进化分析 ．旨在为生长素信号传导 具有转录抑制功能 ．结构域 Ⅱ对 Aux／IAA蛋 白的稳 途径的解析及下一步基因克隆提供参考 定性起作用 ．DomainⅢ和Ⅳ负责蛋 白的二聚化f21