chapter 9 - Perl语言在生物信息学中的应用.pptVIP

?Perl是Practical Extraction and Report Language的缩写，它是由Larry Wall设计的，并由他不断更新和维护，用于在UNIX环境下编程。 ??Perl具有高级语言（如C）的强大能力和灵活性。与脚本语言一样，Perl不需要编译器和链接器来运行代码，你要做的只是写出程序并告诉Perl来运行而已。 Perl：第一个字母大写，指语言本身。 perl：全小写，指程序编译器。 Perl：填补了低级语言(c,c++,汇编)和高级语言（shell）之间空白。 Perl的安装与验证 可到：/下载。 Perl安裝： 一路按下一步即可。 Perl验证：安装后打开cmd，输入perl –v查看是否安裝成功。如果成功，会有perl的版本信息出來。 Perl编辑器 Perl自身是不带编辑器的，它没有象其他语言那样的编辑编译环境。 可以选择任何一种文本编辑器来编写Perl程序。象EditPlus、UtraEdit、NotePad、Dz-soft都行。 也有专为调试Perl程序制作的编辑器，如PerlEdit等，它们界面直观、有的还带有Perl语法检查、可直接Run，而不用每次运行都键入命令行。 Perl编辑器UltraEdit的开发环境设置 進入Advanced-Tool Configuration，設置perl命令 设置完成，就可以直接用UltraEdit來编辑运行perl程序 编写第一个脚本 用一个文本编辑器，如Programmer’s notepad (/), 输入以下内容： #!c:/perl/bin/perl 　　　print Hello from ActivePerl!\n; 存盘为example.pl。 然后，在DOS窗口里输入：perl example.pl。看到窗口中打印出“Hello from ActivePerl!” 。 什么是CPAN? CPAN是Comprehensive Perl Archive Network的缩写。它是一个巨大的Perl软件收藏库，收集了大有用的Perl模块(modules)及其相关的文件。 可在找到CPAN。由于CPAN的收藏丰富，使用者甚多。 9.2 数据结构和程序控制 把一系列指令写成一个文本文件。 运行解释器执行脚本或调试程序直到满足规划需要。 注释 在语句的开头用字符#，如：??????# this line is a comment 建议经常使用注释，使你的程序易读，这是好的编程习惯。 简单变量就是一个数据单元，相当于一个指定的数据单元。以字符$起始，可以是字符或字符串。 #!/usr/bin/perl$var1=9;$var2=7;$product=$var1*$var2;print “$product,\n;$sum=$var1+$var2;print$sum,\n;$remainder=$var1%$var2;print$remainder\n; 结果：63, 16, 2 。见test1.pl Perl语言的变量不仅是数字还可以是一个字符串，还有其他形式。Perl创建变量是需要决定这个变量支持一个值，还是多个值。支持一个值，称为简单变量 ，如上，以符号$起始，另两种变量，即数组和哈希表。 #!/usr/bin/perl$my_var=7;print$my_var\n;$my_var=7.321;print$my_var\n;$my_var=apple;print$my_var\n; 结果：7， 7.321， apple。见 Test2.pl Perl脚本的几个特点： 每行以分号结尾； 字符串用双引号； 字符串可以包含多个词； 每条打印指令尾部的“\n”，用来在屏幕上转移到下一行。 Perl变量名称对大小写敏感, $foo和$Foo是两个不同的变量。 操作符 Perl的常用关系和逻辑运算符 一个例子 #!/usr/bin/perl$var1=12;$var1+=12;print$var1\n; 结果：24。见test3.pl 这里，$var1+=12相当于$var1=$var1+12 程序控制 计算机真正的能力在于它作出决定的本领，而不是仅仅计算。所有编程语言都提供程序控制的机制，即，如果一个条件为真，执行一套指令，否则执行另外一套。 在Perl里，程序控制通过if语句和循环语句来实现的。首先，需要了解Perl的结构代码的基本单位：语句和程序块。 条件执行 If语句是Perl语言条件执行的常用机制。下面的