d2-2 生物信息学蛋白质工程.ppt

1、蛋白质序列分析 通过比较两个或多个蛋白质序列的相似区域和保守性位点，确定相互间有共同功能的序列模式和分子进化关系，进一步分析其结构和功能。 通过对核酸和蛋白质序列进行分析，预测其理化性质、空间结构及生物学功能。 2、蛋白质结构预测 包括二级和三维结构预测 3、蛋白质功能预测 由于蛋白质不同区段进化速率不同，通过与相似序列的数据库和序列模体数据库的比对，确定某蛋白质序列中的保守区域，从而进一步预测功能。 也可以直接从蛋白质序列预测其疏水性、跨膜螺旋等。 4、蛋白质分子设计 蛋白质一级结构决定其空间结构，蛋白质空间结构决定其生物学功能。因此可通过对蛋白质进行分子设计，有目的的改造其空间结构，使其发挥其特定的生物功能。 数据库来源 NAR数据库分类目录 NAR Nucleic Acids Research 网址：/nar/database/cap/ （一）核酸序列数据库 1、GenBank 2、EMBL 3、DDBJ （二）基因组数据库 1、GDB数剧库 （一）核酸序列数据库 1、GenBank Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI) national center for biotechnology information建立和维护的。 它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。 Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库，和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同步。 （一）核酸序列数据库 1、GenBank Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。 NCBI的网址是：/ Genebank的网址是： /Genbank/ 2、EMBL核酸序列数据库 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，由于与Genbank和DDBJ的数据合作交换，它也是一个全面的核酸序列数据库。 数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/ SRS的网址是：http://srs.ebi.ac.uk/ 3、DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与日本国家遗传学研究所负责维护和管理，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。可以使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。可以用Sequin软件向该数据库提交序列。 DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 蛋白质数据库 （一）蛋白质序列数据库 SWISS-PROT；PIR；TrEMBL；UniProt；（二）蛋白质序列二次数据库 PROSITE；PRINTS；BLOCKS； （三）蛋白质结构数据库 PDB；MMDB； 1、 SWISS-PROT SWISS-PROT数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，现由欧洲生物信息学研究所（EBI）进行维护和管理，是目前国际上权威的蛋白质序列数据库之一。 SwissProt数据库的每个条目都有详细的注释，包括结构域、功能位点、跨膜区域、二硫键位置、翻译后修饰、突变体等。该数据库中还包括了与核酸序列数据库EMBL/GenBank/DDBJ、蛋白质结构数据库PDB以及Prosite、PRINTTS等十多个二次数据库的交叉引用代码。 ExPAsy专门聘请了由200多位国际知名生物学家组成的网上专家评审团，并将SwissProt数据库中的蛋白质分成200多个类别,每个类别由1位或2位评审专家负责，通过计算机网络进行审核。 （1）简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。 （2）数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 （4）数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可