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并行计算服务器用户上机指南 中国科学院力学研究所 图书信息中心 2006-12-1 目录 文档说明 1 第一节、 远程登录和数据传输方式2 第二节、 程序的编译和调试 3 第三节、 作业提交和管理4 文档说明 本指南旨在帮助用户快速掌握计算服务器的登录、程序编译、作业提交 查询等基本操作。由于时间仓促和经验不足，误漏之处不可避免。欢迎各位 用户提出修改意见和建议，共同完善充实此文档。 系统管理员 2006-12-1 1 第一节、 远程登录和数据传输方式 一、 远程登录：出于安全的考虑，此服务器采用 SSH 方式登录 1. 客户端操作系统为 windows ，这里以windows xp 系统为例，其他系统设 置和操作类似。推荐使用 SSH Secure Shell Client 作为客户端工具，此软 件集成了远程登录和文件传输两种功能，使用起来比较方便。具体操作 如下： 1) 安装并启动 SSH Secure Shell Client 软件（请到计算力学平台主页的 “软件和资料”区下载该软件） 2) 点击工具栏上的 按钮，弹出登录对话框如下图所 示，具体设置为：Host Name ：159.226.230.25，Port 和 Authentication 默认即可，点击 Connect，输入相应的密码即可登录到服务器管理结 点（注：首次登录时会出现建立联机 RSA key 的提示对话框，选择 保存）： 2. 对客户端操作系统为 Linux 的用户，直接在在命令行下输入“ssh username@159.226.230.25 ”的命令即可建立到远程服务器的ssh 连接， 首次登录时会出现建立联机 Key 的提示，输入yes 即可。 二、 数据传输：同样需要采取 SSH 的方式上传和下载文件，具体操作如下： 1. 点击 SSH Secure Shell Client 的工具栏上的下图所示按钮即可打开文件 传输窗口： 2. 经过和上面类似的操作步骤和即可打开下图所示的文件传输窗口（远程 目录为用户的根目录）： 2 第二节、 程序的编译和调试 一、 程序的编译： 目前系统上默认的编译器为Intel 商业版本的 C/C++和 Fortran9.1 编译器： 1. 串行程序（OpenMP 程序也使用同样编译命令，但需要加类似-openmp 的选项）对 应的编译命令分别为： C 程序： icc C++程序：icpc Fortran 程序：ifort 具体的编译优化选项请参考计算力学平台主页“软件与资料”区的Intel编译器 的使用与调优文档 2. MPI 并行编译命令：服务器计算结点间的通讯采用高带宽低延迟的 Myrinet-2000 网络。与此相对应的，编译过程中涉及到的 MPI 消息传递库默认采用了基于 Myrinet 专用的 GM 协议的 MPICH-GM 。为了充分发挥Myrinet 网络的良好性能， 本系