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中国科学: 生命科学 2014 年 第44 卷 第3 期: 307 ~ 317 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 基于RNA-Seq 高通量测序技术的牦牛卵巢转录组 研究: 进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关 新基因 ① ② ③ ③ ① ② ① ①* 兰道亮 , 熊显荣 , 位艳丽 , 徐通 , 钟金城 , 字向东 , 王永 , 李键 ① 西南民族大学青藏高原研究院, 成都 610041; ② 西南民族大学生命科学与技术学院, 成都 610041; ③ 深圳华大基因研究院, 深圳 518083 * 联系人, E-mail: lijian@ 收稿日期: 2013-11-13; 接受日期: 2013-12-12; 网络版发表日期: 2014-03-11 国家科技支撑计划(批准号: 2012BAD13B06)和国家公益性行业(农业)科研专项(批准号: 201203009)资助 摘要 RNA-Seq 作为近年来新发展起来的高通量转录组测序技术, 为大规模转录组学研究 关键词 提供了一种全新的且更为有效的方法. 目前该技术已广泛应用于转录组学中多方面的研究, 尤 牦牛 卵巢 其近年来, 该技术在进一步完善基因结构信息及挖掘新转录本及新基因方面的功能也逐渐受 转录组 到关注. 本研究以牦牛卵巢组织作为研究对象, 应用RNA-Seq 技术对其进行高通量转录组测序 RNA-Seq 分析, 经测序后得到了一个包条过滤后测序读数, 4828772880 bp 的卵巢测序文库, 基因结构 比对分析显示, 有16992 条牦牛基因发生表达, 其中3734 条基因存在不同类型的可变剪接. 功 新基因 能分析表明, 这些表达基因涉及多种GO 分类及KEGG 通路. 进一步分析转录组数据发现, 共 有7340 个基因的5′或3′端在原有基因组的位置基础上发生了延伸, 同时还发现了6321 个新转 录本, 定位回基因组预测显示, 外显子数量为 1~84 个, 其中 2267 个新转录本预测具有编码蛋 白的能力. 比对分析显示, 共有1200~4993 条新转录本分别与Nt 数据库、Nr 数据库及SwissProt 数据库中的基因比对上, 其中与牛相似性基因最多(41.4%), 其次为野牦牛(33.0%) 、绵羊 (6.3%)、人类(2.8%)及小鼠(1.6%)等其他物种. 进一步对新转录本进行GO 分类注释, 结果显示, 与繁殖发育相关的GO 分类占有较大比例, 其中繁殖类别(reproduction)所涉及的新转录本最多. 本研究结果为描绘牦牛卵巢正常转录组图谱及进一步探析牦牛繁殖性能提供了基础, 同时证 实 RNA-Seq 高通量转录组技术在完善基因结构及挖掘新转录本及新基因方面的具有强大的优 势, 为进一步完善牦牛基因组结构信息及挖掘潜在的新基因提供了丰富数据. 引用格式: 兰道亮, 熊显荣, 位艳丽, 等. 基于 RNA-Seq 高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究: 进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因. 中国 科学: 生命科学, 2014, 44: 307–317 英文版见: Lan D L, Xiong X R, Wei Y L, et al. RNA-Seq analysis of yak ovary: improving yak gene structure information and