Practice9生物膜的粗粒化模拟.PDFVIP

Practice 9 生物膜的粗粒化模拟 背景介绍 相比于基于原子的分子动力学模拟方法，粗粒度分子动力学模拟 （CGMD）方法将一组 原子以单一“珠子”代替，从而使得模拟的时间范围更长，颗粒尺度更大。参数化的力场用来 描述体系中每种类型珠子之间的相互作用。一般说来，粗粒度的力场必须进行参数化， Mesocite 中提供由Marrink 等人专为生物分子材料开发的MARTINI 力场，对于多种有机基 团已经进行参数化处理。MARTINI 力场有四个主要的力场形式：无极化、非极化、极化和 带电荷。每种形式的力场又有数个子形式，这就使得MARTINI 可以被用于对多种不同的有 机分子进行模拟计算。 二棕榈酰磷脂酰胆碱（DPPC）是磷脂和肺表面活性物质的主要成分。本教程中，以此 种化合物为模型进行脂质体、脂质双层和生物膜模型的研究。 Materials Studio 中的MS Martini 力场是在MARTINI 力场基础上稍作修改的版本，可以 进行粗粒度珠子结构的分子动力学模拟。 本教程涵盖的内容 本教程用来说明如何使用Mesocite 模块和MS Martini 力场对研究对象磷脂双分子层进 行分子动力学模拟。使用MesoStructure 构建工具搭建初始结构并进行双分子结构的优 化。  开始  建立液态和溶剂分子  应用并修改力场  创建双分子层结构  优化构建的结构  模拟并分析结果 1. 开始 双击桌面上的 MS Modeling 图标 以启动程序，或者点击开始/程序/Accelrys MS Modeling[版本号]选择MS Modeling 启动程序. 启动画面加载后，会弹出一个对话框，询问是否创建一个新的project ，或者打开一个已 有的project 。这里，请选择创建一个新project 。 选择Create a new project 并点击OK. 在New Project 对话框中输入CG_bilayer 作为该 Project 的名称，点击Save。 可以利用Build 菜单中的介观结构构建工具Build Mesostructure 或者在工具栏中显示 出它的快捷方式从而构建结构。显示的方法为从标题栏中选择View-Toolbar- Mesostructure 。 2. 建立磷脂和溶剂分子模型 首先需要定义构建磷脂和溶剂分子时所使用的珠子的类型。这个练习中将利用与 Marrink 等人相同的方式构建，一个珠子近似代表四个重原子，珠子的平均重量为72 g/mol ，半径为2.35 Å。 在Mesostructure 工具栏里点击Bead Types 按钮打开Bead Types 对话框，点击 Properties 按钮出现Bead Type Properties 对话框，点击Defaults 按钮打开Bead Type Defaults 对话框，设置Mass 的数值为72.0 ，Radius 为2.35 。如下图所示： 然后关闭 Bead Type Defaults 和 Bead Type Properties 对话框。在Bead Types 对话框 中定义新的珠子类型: C、GL、NC 、PO 和 W 。 关闭对话框。 定义了珠子类型之后，接下来将构建磷脂和溶剂的初始珠子。在Mesostructure 工具栏 中点击Mesomolecule 按钮 打开 Build Mesomolecule 对话框。 分三个步骤构建磷脂分子的特有构象。首先以phosphate 和choline 首基开始。 定义一个含有一个PO 和一个NC 的重复单元，点击Build 按钮。 接下来向phosphate 官能团中添加两个glycerol 珠子。 在Build Mesomolecule 对话框中使用Delete 键删除已经存在的珠子类型，重新定义一 个含有一个GL 类型珠子的单元，选择刚构建的结构中的PO 珠子，在Build Mesomolecule 对话框中勾选Add to branch points 复选框。单击 More...按钮，打开Mesomolecul