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生物信息学课堂操作练习 一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具http://www.ebi.ac.uk/2can/Education 二、 生物数据库1. 熟悉各种数据库。2. 重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。 三、 关键词或词组为基础的数据库检索1. 熟练掌握Entrez检索体系。2. 查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2) exon和intron的位置？(3) 是否有3－D structure数据？ 1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸? 4623b.p., 1025A.a.; 2) exon和intron的位置? Exon: 24~2700,3543~3943 intron: remaining; 3) 是否有3－D structure数据? 没有. 3. 查找C. elegans基因组的资料。(1) chromosome I的测序是否已完成？(2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？ 1) chromosome I的测序是否已完成? 完成. 2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724Mb.p..p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35.4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。 HYPERLINK /mapview/maps.cgi?ORG=humMAPS=ideogr,est,locLINKS=ONVERBOSE=ONCHR=1 /mapview/maps.cgi?ORG=humMAPS=ideogr,est,locLINKS=ONVERBOSE=ONCHR=1 5. 查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。 比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同 (/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=3701, /mapview/maps.cgi?taxid=3702chr=1) 貌似没什么区别……比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。6. 与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？ 5774, (在pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 与rice retrotransposon有关的文献有多少篇？ 214, (在pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 7 检索我校在2009年1月发表的被PubMed收录的科研论文 Huazhong Agricultural University,29 7. 熟悉SRS检索体系。8. 熟悉DBGET检索体系。 四、 核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索1. 了解BLAST Frequently Asked Questions的答案。2. 以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列(1) 用Blastn能检索到多少条与Mlo同源的序列？ 与Mlo同源的序列：共找到63条与Mlo同源的序列(2) 在使用Blastn 检索中，如改变E value的阈值，能检索到多少与Mlo同源的序列？ 将E value (Expect threshold)由默认的10改为1时，仍有63条同源序列。若将E值改为5e-19时可以找到61条同源序列。(3) 怎样去掉alignment过程中出现的小写字母？ 这里所说的小写字母就是出现重复序列时被算法筛选后出现的n。将HYPERLINK /Blast.cgi?PAGE=NucleotidesPROGRAM=blastnBLAST_PROGRAMS=megaBlastPAGE_TYPE=BlastSearchSHOW_DEFAULTS=onBLAST_SPEC=LINK_LOC=blasttabLAST_PAGE=blastn \l i Algorithm parameters中的Filters and Masking选项里的Low complexity regions前的勾去掉就可以去掉比对过程中出现的小写的n。 (4) 用PSI－BLAST检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用Blastp检索到的同源序列是否有差别？ PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建 profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位