牙鲆EST资源的SSR信息分析.pdfVIP

第41卷 第 10期 东 北 农 业 大 学 学 报 41(101：82-86 2010年 1O月 JournalofNortheastAgriculturalUniversity Oct．2010 牙鲆EST资源的SSR信息分析 陈松波 ，龚 丽 ，刘海金 (1．东北农业大学动物科学技术学院，哈尔滨 150030；2．中国水产科学研究院，北京 100039) 摘 要：应用生物信息学方法，对牙鲆EST—SSRs的分布频率及碱基重复特点进行了归纳与分析。结果表 明，5927条牙鲆非冗余 EST序列通过在线搜索共检索出471个 SSRs，分布于 390条EST中，出现频率为 7．95％，平均分布距 离为 7．9kb。包括 了ll2种重复基元 ，其 中二核苷酸重复基元 占主导地位 ，占总SSR的 59．02％。AC是二核苷酸中的优势基元，占二核苷酸重复类型的 16．91％。三核苷酸重复基元、四核苷酸重复基 元和六核苷酸重复基元分布比较分散，三核苷酸重复基元中GAG数量最多，但仅 占三核苷酸重复类型的7．26％。 研究结果为牙鲆EST—SSR标记的开发及应用奠定了理论基础。 关键词：牙鲆；EST；SSR信息；EST—SSR；重复基元 中图分类号：$963 文献标志码：A 文章编号：1005—9369(2010)10—0082—05 AnalysisofSSR information in EST resourcesofJapaneseflounder (ParafichthysOfivaceus}／CHENSongbo’，GONGLi’，LIUHaijin (1．CollegeofAnimal Sciencesand Technology，NortheastAgriculturalUniversity，Harbin 150030，China；2．Chinese AcademyofFisheriesSciences，Beijing100039，China) Abstract：Byapplyingbioinformaticsmethods，thedistributionfrequencyandcharacteristicofbase repeatofEST—SSRswereinducedandanalyzedinJapaneseflounder(Paralichthysolivaceus)．Theresults showedthat5927non-redundantESTswerescreenedand471SSRswereminedout．Thefrequencyof theseEST．SSRswas7．95％ andthemeandistanceofdistributionwas7．9kbinnon·redundantESTs．AlI theseSSRsincluded112kindsofrepeatmotifs．Amongthem thedinucleotiderepestmotifwasthedominant type(59．02％)，thetrinucleotiderepeatm0l_ftookthesecondplace(26．33％)．ACwasthemostcommonmotif indinucleotide．accountingfor16．91％ ．Thedistributionoftrinucleotide，tetranucleotideandhexanucleotide repeatsweredispersive．ThedominantmotifwasGAGintrinucleotiderepeats．onlyaccountingf0r7_26％ in allthetrinucleotiderepeats。AIItheseestablishedthetheoreticfoundationfordevelopmentandapplicationof EST-SSRinJapaneseflounder