SSR标记在植物遗传育种中的应用.pdfVIP

小麦研究 201l，32(1)：27~32 JournalOfW heatResearch SSR标记在植物遗传育种中的应用 马 勇 (黑龙江省农业科学院克山分院 黑龙江克山 161606) 摘 要 SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术，具有多态性高、 分布于整个基因组、呈共显性、操作简单等优点。简要论述了 SSR的起源、 原理和主要特点，并从 SSR在构建植物遗传图谱、基因定位、遗传多样性、抗 性基因的检测等方面阐述了其在植物遗传育种中的应用。 关键词 SSR 多态性 遗传育种 应用 SSR(simplesequencerepeat)也叫微卫星 DNA(MicrosatelliteDNA)或短串联重复 (shorttandemrepeat，STR)。微卫星DNA重复单位长度一般为2-6bp，一个 SSR的总长 度可达几十到几百个 bp。每个微卫星DNA都 由两部分组成，即核心序列和两翼的序列， 核心序列即重复的短序列。重复序列的两端即两翼 DNA 序列往往是相对保守的限制性 核酸内切酶位点。可以根据两翼保守序列设计一对特异引物扩增序列本身，从而检测到 不同植物群体的简单重复序列。由于重复单位长度不同而造成 DNA 区域的多态性 。 Winter等 研究表 明，除着丝粒及端粒区域外，微卫星广泛地分布于染色体几乎所有区 域，遵循孟德尔共显性遗传方式。 在植物系统中，Condit和Hubbel首先对5个热带森林树种和玉米 中的微卫星进行 了研究，结果表明在植物中存在着丰富的微卫星 。随后通过对大豆、水稻、玉米、南 芥 等的研究，也证 明了微卫星在植物 中含量丰富，均匀分布于整个植物基因 细 中。 1SSR标记 1．1SSR标记的起源 SSR最早的报道是1974年Skinner等 在研究寄居蟹的DNA序列时发现了一些类似于 (TAGG)n的简单重复序列，但在当时并没有引起很大注意。直到1986年，Ali等 首次 将合成的微卫星寡聚核苷酸用于人的指纹分析，微卫星才被关注 。微卫星的产生，多数 学者认为是 由于DNA复制时两条链退火产生滑移 (slippage)，导致后来在DNA复制、修 复及重组时滑动链与互补链碱基错配，插入或删除了一个或几个重复单元，使得SSR序 列变长或缩短，因而在不同个体或不同种群间产生长度多态性 。 1988年，Jefreys等进一步将微卫星发展成一种新的遗传标记系统；1989年，人类 遗传学家Iitt~1]IJuty研究了几个SSR位点上的l2个等位基因时发现，这些序列中有3个 28 小 麦 研 究 32卷 (AAT)n或4个 (AGAT)n核苷酸重复的序列，并将其命名为Micr0satellite即微卫星 。SSR 这一技术一经问世，便很快在动植物的遗传分析中得到广泛应用 。 1．2SSR标记的原理 由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而 可以将微卫星侧翼的 DNA 片段克隆、测序 ，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合 成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元 在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称 为简单序列重复长度多态性，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR 重复数 目变化很大，所以SSR标记能揭示 比RFLP高得多的多态性 。 1．3SSR标记的主要特点 SSR标记具有的主要优点：①数量丰富，均匀、随机、广泛地分布于植物基因组中， 覆盖整个基因组；②每个位点均有许多等位形式，多态性丰富，信息含量高；③以孟德 尔方式遗传 ，呈共显性，能够鉴别出纯合基因型和杂合基因型。揭示等位位点的差异， 能够提供单位位点上较完整的遗传信息；④易于利用PCR技术分析，对DNA质量要求 低，用量少，不需使用同位素，即使是部分降解的样品也可进行分析；⑤实验程序简单、 耗时短，结果重复性好 ：⑥每个位点由引物序列顺序决定，便于实验室交换数据。缺点： ①开发 SSR引物成本高、难度大；②现有的SSR标记数量有限，不能标记所有的 功能基因，不能构建饱和的 SSR遗传图谱 ；③SSR多态性的检测和应