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信 息 检 索 月 报 科研开发部 2014年02月 各位领导、各位同事： 本期为H7N9专辑，所选文章均以全文形式刊出，欢迎阅读。 由于技术原因，文中表格及插图无法完整展现，敬请谅解！大家可以登陆万 方数据库查看。谢谢大家！ 1.H7N9禽流感病毒对人类致病的分子基础分析中山大学学报（医学科学版） 2013年5期作者单位 ： 中山大学中山医学院微生物学教研室中山大学热带病防治研究教育部重点实验室 摘要： 目的了解H7N9禽流感病毒对人类致病的分子特征,为更好地预防与治疗H7N9人禽流感提供科学依据方法从GISAID数据库中下载中国2013年分离的所有H7N9禽流感病毒株的基因及蛋白序列,并从NCBI数据库中下载其他相关的流感病毒序列,运用生物信息学软件分析H7N9禽流感病毒基因的系统进化特征、受体结合位点、宿主特异位点、飞沫传播关键氨基酸位点、致病及毒力相关位点、耐药性位点及潜在糖基化位点等的变异情况结果2013年中国流行的H7N9禽流感病毒为四源重组病毒,所有基因片段均来源于禽类,不含任何人流感病毒基因;病毒HA的受体结合位点发生了2个关键氨基酸的变异(G186V和Q226L);在与飞沫传播有关的关键氨基酸位点中,个别氨基酸已发生了变异(T160A、Q226L);该病毒具有8个毒力增强位点;所有分离株的M2均发生了S31N变异;分离株A/Shanghai/1/2013的NA的耐药位点发生了R294K变异;所有毒株的潜在糖基化位点均相对保守结论H7N9禽流感病毒为四源重组的新型禽流感病毒.该病毒具有与人呼吸道上皮细胞SAa-2,6 Gal受体结合的分子基础,但目前尚未获得经飞沫传播的充分条件,人传人的可能性不大.该病毒具有低致病性禽流感病毒的分子特征,表明对禽类致病性不强,但其对人类呈高致病性,这可能与其毒力位点的特征有关.所有分离毒株均发生了对离子通道抑制剂金刚烷胺类药物的耐药性突变,个别毒株已发生了对神经氨酸酶抑制剂奥司他韦(达菲)的耐药性突变. l 1材料与方法 1．1材料 从全球禽流感共享数据库(the GlobalInitiative on Sharing Avian Illfluenza Data，GISAID)中下载截止到2013年5月中旬上传的中国2013年分离的所有20余株H7N9禽流感病毒各基因及蛋白序列。从NCBI中下载与H7N9禽流感病毒对应序列同源性高的其他流感病毒序列。 1．2同源性及变异分析 运用NCBI中的BLAST对H7N9禽流感病毒的八个基因片段分别进行同源性搜索，从搜索结果显示的100条序列中下载前20条(不包括已从GISAID下载的H7N9禽流感病毒基因序列)序列，160条序列用于后续分析。应用MEGA 5．1程序中的Clustalw软件对获取的基因序列进行合并比对，使用Neighbor Joining法中的p—distance法绘制遗传进化树，其中Bootstrap值选为1 000次重复运用DNAstar中的MegAligll软件对各基因序列相似性值进行计算。 采用与上述相同的方法，从NCBI中下载与H7N9禽流感病毒各蛋白序列相似性高的蛋白序列共200条，病毒蛋白包括HA、NA、NP、M1、M2、NSl、PB2、PBl、PA及PBl一F2。与从GISAID数据库下载的H7N9禽流感病毒蛋白序列合并，比对分析各蛋白序列中关键位点氨基酸的突变及缺失特征。 将PllbMed检索出的权威文献已报道的流感病毒变异位点定义为关键位点，并按照原文献分析将其划分为受体结合位点、宿主特异性位点、飞沫传播关键氨基酸位点、毒力位点、耐药位点。运用Sequon Finder 1．0预测HA与NA氨基酸序列中的潜在糖基化位点位置及数目。 2 结 果 2．1同源性分析 结合进化树(本文未列图)及序列同源性分析，得出H7N9禽流感病毒8个基因片段的可能来源。由表1可见中国2013年流行的H7N9禽流感病毒主要由三个亚型禽流感病毒通过基因重配而成，不含任何人类流感病毒基因片段。其中HA基因来源于中国江浙地区2011年在鸭群中流行的H7N3亚型，NA基因来源于韩国2011年在野鸟中流行的H7N9亚型，其他6个内部基因(MP、NS、NP、PA、PBl、PB2、)均来源于H9N2亚型。但追溯H9N2亚型病毒的来源，发现并不单一，相关的H9N2亚型病毒可分为两种。第一种为2011年在江浙地区鸡群中流行的H9N2亚型病毒，第二种为2012年在北京地区花雀中流行的H9N2亚型病毒。其中MP、Ns、NP来源于第一种，PA、PBl、PB2来源于第二种。综上所述，H7N9禽流感病毒为四源重组病毒。此外，本研究分析了所有毒株的8个基因片段的变异情况，发现除PB2、NS相对保守之外，其余各基因在流行过程中均存在抗原性漂移现象。 2．