基因组学考试 名词解释.docxVIP

武汉大学李阳生老师基因组学考试名词解释名词解释基因=由不同的DNA片段共同组成的一个完整的表达单元，有一个特定的表达产物，表达产物可以是RNA分子，亦可为多肽分子。遗传图谱=以遗传距离表示基因组内基因座位相对位置的图谱。遗传作图=采用遗传学分析方法将基因或其他DNA顺序标定在染色体上构建连锁图。DNA标记=一段DNA顺序，具有2个或多个不同的可以区分的版本，即等位形式。AFLP、STS、RALP、RFLP、SSR、SNP等。重组热点=染色体的某些位点之间比其他位点之间由更高的交换频率，被称为重组热点。共分离=在有性繁殖的后代，这种基因附近有一个紧密连锁的分子标记与连锁的基因有最大的可能同时出现在同一个体中，这一现象被称为共分离。物理图谱=指表示DNA序列上DNA标记之间实际距离的图。物理作图=采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组实际位置。重叠群=相互重叠的DNA片段组成的物理图称为重叠群。稀有切点限制酶=指该酶识别的碱基顺序在基因组中只有很少数量，可产生较大的DNA片段。DNA指纹=小卫星DNA具有高度的可变性，不同个体，彼此不同。但“小卫星DNA”中有一段序列则在所有个体中都一样，称为“核心序列”。如果把核心序列串联起来作为探针，与不同个体的DNA进行分子杂交，就会呈现出各自特有的杂交图谱，它们与人的指纹一样，具有转移性和特征性，因人而异，因此被称作“DNA指纹”(DNA fingerprint)。染色体步移=从第一个重组克隆插入片段的一端分离出一个片段作为探针从文库中筛选第二个重组克隆，该克隆插入片段含有与探针重叠顺序和染色体的其他顺序。从第二个重组克隆的插入片段再分离出末端小片段筛选第三个重组克隆，如此重复，得到一个相邻的片段，等于在染色体上移了一步，故称之为染色体步移（Chromosome Walking）染色体步移技术（genome walking）是一种重要的分子生物学研究技术，使用这种技术可以有效获取与已知序列相邻的未知序列。辐射杂种=含有另一种生物染色体片段的啮齿类细胞。经辐射处理的人体细胞染色体被打断成长度不一的片段，X?射线辐射剂量越高，产生的片段越小。将辐射处理的人体细胞与仓鼠细胞融合产生辐射杂种。作图试剂= mapping reagent，覆盖整条染色体或整个基因组的DNA片段群体，用于STS作图。锚定标记=用于衔接克隆重叠物理图与遗传图单一序列的分子标记。物理图深度=物理图的任何一点上DNA片段的重复次数。深度与物理图的精确性直接相关，深度越大，物理图的精确性就越高。CpG岛=基因组中富含GC（60%—70%）的DNA区段，一般长度为1—2kb。染色体组=(chromosome set)不同真核生物核基因组均由一定数目的染色体组成，单倍体细胞所含有的全套染色体。序列复杂性=基因组中单拷贝的DNA序列称为单一序列，多拷贝的DNA序列称为重复序列，不同序列的DNA总长称为复杂性(complexity)。C值=指一个单倍体基因组中DNA的总量，一个特定的种属具有特征的C值。比较基因组学= comparative genomics基因组学与生物信息学的一个重要分支。通过模式生物基因组或模式生物基因组与人类组之间的比较与鉴别，为分离重要的候选基因，预测新的基因功能，研究生物进化提供依据。除了基因组成的相似性, 在不同基因组中基因排列顺序的一致性更能够体现基因组的共同起源, 这种基因排列顺序的一致性称为共线性(synteny, colinearity) 。基因共线性=可出现在不同基因组的对应区段, 也可以出现在同一基因组内部的不同染色体位置。微观共线性=microsynteny，指物理图上基因顺序的一致排列。在多数情况下, 只有在进化距离非常近的物种间才能保持很好的微观共线性。宏观共线性系指遗传连锁图上锚定标记排列次序的一致性。基因岛=基因在整个基因组中的分布疏密不一，某些区段基因密度比全基因组的平均密度高得多，形成“基因岛”。直系同源集簇=clusters of orthologousgroups, COG即指由一个共同的祖先基因衍生的一组基因，包括不同基因组中执行同一生物学功能的种间同源物(ortholog)，也包括同一基因组中因基因加倍产生的种内同源物(paralog)，或平行基因。基因协同进化= co-evolved，在啤酒酵母（S.cerevislae）和裂殖酵母（S.pombe）的比较研究中发现，啤酒酵母缺失了裂殖酵母及其他多细胞生物共有的部分基因, 这是啤酒酵母所特有的基因缺失。这些缺失的基因在功能上相关，或者说，执行同一生物学功能的基因有相伴丢失的趋势。与此同时，为了补偿丢失基因所执行的功能，导致其它具有类似功能的基因群高度分化。主要表现在啤酒酵母中这些基因群内编码氨基