一级结构.ppt

CONECT：原子间化学键连接 2.7 一级蛋白质结构数据库 PDB 浏览dUTPase蛋白质的三级结构 档案管理部分 MASTER：版权拥有者 END：结束符 176 2.7 一级蛋白质结构数据库 PDB 浏览dUTPase蛋白质的三级结构 2.7 一级蛋白质结构数据库 PDB 浏览dUTPase蛋白质的三级结构 按住鼠标左键拖一拖试试！ 按鼠标左键 操作 旋转 按住鼠标左键拖拽 放大/缩小 按住Shift + 鼠标左键拖拽 或者利用鼠标中键 选择 点击鼠标左键 Jmol菜单 点击鼠标右键 2.7 一级蛋白质结构数据库 PDB PDB手机APP / 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins) ，即，蛋白质二级结构词典。DSSP并不预测二级结构，而是根据二级结构的定义对已经测定结构的蛋白质的各个位置指出是哪种二级结构。 主页 : http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp alpha-helix loop beta-sheet 蛋白质结构 --- 二级结构的获取 一个DSSP文件的一部分 二级结构 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 二级结构 part of a DSSP file H = alpha helix B = residue in isolated beta-bridge E = extended strand, participates in beta ladder G = 3-helix (3/10 helix) I = 5 helix (pi helix) T = hydrogen bonded turn S = bend Blank = loop or irregular 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 12 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 一级结构 二级结构 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 16 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 小写的 PDB ID /pdb/files/3cig.dssp 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 /pdb/files/ss.txt/pdb/files/ss.txt.gz (压缩文件) PDB数据库里存储的所有蛋白质的一级结构和二级结构都以FASTA的格式存储在一个叫做“ss.txt”的文本文件里。 如何获得蛋白质的二级结构 1. PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 如何获得蛋白质的二级结构 2. 预测软件 – 对于结构未知的蛋白质 已知一个蛋白质的氨基酸序列，预测其二级结构。 常用软件：PSIPRED, Jpred，APSSP2, NNPREDICT, PREDICTPROTEIN PSIPRED：http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred Jpred：pbio.dundee.ac.uk/www-jpred 蛋白质结构 --- 二级结构获取 20 如何获得蛋白质的二级结构 2. 预测软件 – 对于结构未知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 3cig.fasta 如何获得蛋白质的二级结构 2. 预测软件 – 对于结构未知的蛋白质 结果会发送到给入的邮箱里，也可以在线等待，大约需要30分钟。 注意: 不支持免费的大众邮箱，比如：hotmail，gmail。 蛋白质结构 --- 二级结构获取 如何获得蛋白质的二级结构 2. 预测软件 – 对于结构未知的蛋白质 网页显示的预测结果 蛋白质结构 --- 二级结构获取 发送至邮箱的预测结果 如何获得蛋白质的二级结构 2. 预测软件 – 对于结构未知的蛋白质 蛋白质结构 --- 二级结构获取 51 LAILDAGFNSISKLEPELCQILPLLKVLNLQHNELSQISDQTFVFCT