捕获外显子的最佳方法-生物通.PDFVIP

捕获外显子的最佳方法 生物通报道 外显子组测序（exome-seq ）是对定向富集的基因组DNA 进行高通量测序，它能够以 相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009 年，外显子组捕获工具的出现，让外显子组测序这种技 术迅速红起来。到目前为止，已有超过 1 万个外显子组被测序。这一技术能协助确定单基因疾病以及一 些遗传异质性疾病的分子缺陷，鉴定各种癌症中反复突变的基因，并为人类进化和群体遗传学提出新见 解。 如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂，包 除了文中提到了三个主流平台，外显子组捕获 括罗氏 NimbleGen、安捷伦、Illumina，还有最近 方面的新产品也在不断推出，研究人员的选择也将 的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣，斯坦福大学 更广泛。罗氏 NimbleGen 即将推出新一代的外显 医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的 子液相捕获产品。这一新产品将可捕获 64M 的基 外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在 因组序列，包括所有外显子以及 miRNA，它含与 《Nature Biotechnology》上。 其他 NimbleGen 液相捕获产品相同的 2.1M 高密 度探针，以确保高效、均一、特异、全面的定向捕 研究人员利用安捷伦、Illumina 和 NimbleGen 获，将成为市场覆盖面最广的序列捕获产品之一。 的外显子组测序平台对同一个人类血液样品进行 分析。他们的结果表明，NimbleGen 平台作为唯 最近，华大基因（BGI）也宣布推出其最新研 一一个使用高密度重叠探针的平台，尽管覆盖了较 究的 All-in-One 序列捕获技术。相比于流行的外显 少的基因组区域，但在灵敏检测小的变异时所需的 子组捕获测序，该技术创新性地把人类群体特异性 测序量也最少。在同样获得 80M 测序数据的情况 的 SNP 和 MHC 全部区域与外显子序列整合在一 下，NimbleGen 有 97%的目标序列达到 10x 以上 起，集成了传统基因分型芯片和外显子捕获的两种 的测序深度，而其他产品只有 90% 。而安捷伦和 技术优势。据介绍，该技术在成本和技术都优于外 Illumina 的探针能够在低密度下捕获更多数量的变 显子测序。（生物通 余亮） 异。此外，Illumina 还捕获了未翻译的区域，这是 原文检索 NimbleGen 和安捷伦平台无法靶定的。 Performance comparison of exome DNA 研究人员还比较了同一样品的外显子组测序 和全基因组测序（WGS ），显示外显子组测序能 sequencing technologies 够检测到 WGS 错过的小变异。 Nature Biotechnology 29, 908–914 (2011) doi:10.1038/nbt.1975 第 21 页，共 26 页 下一页 返回