02 第二章.数据库.2010.03.11.2204.ppt

第二章 数据库 生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库: 一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。 国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ 库等；蛋白质序列数据库有 SWISS-PROT、PIR 等；蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多，它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色。 检索miRNA群（cluster)（3） 在数据库主页点击“searching” 在miRBase::Sequences网页的“For clusters”栏目选择物种，输入希望查询的miRNA之间的距离（核苷酸数目），点击“Get clusters” 检索结果目录 批量获取mature miRNA序列：在结果目录网页的“Fetch”列选择miRNA，在该网页的底部选择“Mature sequence”，点击“Fetch Sequences” 2、蛋白质数据库 （1）UniProtKB (UniProt Knowledgebase) 由 EBI (European Bioinformatics Institute)管理的数据库 由两部分组成 有详细注释的序列，数据来源于实验 与40个数据库相互参照（cross-reference） UniProtKB/Swiss-Prot（原Swiss-Prot数据库） UniProtKB/TrEMBL（原TrEMBL数据库） 提交到 EMBL 核苷酸数据库中所有CDS 的氨基酸序列——推测 数据来源于自动翻译（非实验） 检索方法 数据库主页http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 输入关键词，检索EBI的所有数据库（包括UniProtKB） 每一个EBI数据库中满足关键词的数据数量目录 查看某一个数据库中的详细目录 查看详细内容 快速检索（1） 数据库主页http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 点击“text search” 在UniProt Searches/Tools网页点击“Uniprot text query [preferred]” 在新网页的“Query”栏目输入关键词 UniProtKB数据库中相关数据目录 检索UniProtKB（2） 点击“Show only reviewed (UniprotKB/Swiss-Prot)”查看只包括在Swiss-Prot数据库中的数据 （2）PIR (Protein Information Resource) 由National Biomedical Research Foundation 创办 可将蛋白质序列分类 数据库主页点击“TEXT SEARCH” 选择“ProClass数据库”后输入关键词或注册号 在结果网页点击“PIRSF ID”栏目中的相关ID号 查看详细内容 （3）PRF (Protein Research Foundation) http://www.prf.or.jp/ 由日本的 Protein Research Foundation 创办 已发表在杂志上的蛋白质序列 (比较可靠) 修饰位点、S－S键等 两月更新一次 （4）PDBSTR (Re-Organized Protein Data Bank) http://www.genome.ad.jp （日本） 蛋白质序列和二级结构 ? 碳结构 （5）Prosite /prosite 蛋白质家族 结构域 3、结构数据库 （1）PDB (Protein Data Bank) 由 Brookhaven National Laboratories 创办 蛋白质 核酸 其它 57,706 个结构图（2009.5.20） 可通过 BLAST 系统检索（第四章介绍） X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图） 33 2337 2014 53322 Total 9 4 4 110 Other 0 59 16 165 Electron Microscopy Method 7 147 850 6850 NMR Exp. 17 2127 1144 46197 X-ray Other Protein/NA Complex Nucleic Acids Protein Type Molecule Total Yearly PDB Content Growth （2）NDB（Nucle