- 1、本文档共6页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
TANET2013臺灣網際網路研討會- 【論文集】
演化式計算輔助整合特徵模型預測蛋白質瓜胺酸化位置
陳啟瑋 洪慧芝 朱彥煒
國立中興大學基因體暨生物資訊學研究所
ywchu@nchu.edu.tw
摘要 將受質蛋白質上,帶正電荷的精胺酸轉變成中性不
帶電的瓜胺酸,可能造成蛋白質的構型改變,進而
蛋白質瓜胺酸化 (Citrullination) 藉由胜肽精胺 失去蛋白質原有之功能。蛋白質瓜胺酸化所牽涉的
酸脫亞胺酶 (Peptidylarginine Deiminase ,PAD) 將受 生理過程包括:上皮終端分化(Epithelial Terminal
質蛋白上的精胺酸轉變成不帶電的瓜胺酸,瓜胺酸 Differentiation) 、神經生長、胚胎發育、基因表現之
化與類風濕性關節炎、多發性硬化症和阿茲海默症 調節 (Gene Expression Regulation) 及細胞凋亡
等疾病有關。由於受限於目前的資料量,現今尚未 (Apoptosis) 。而病理表現則目前已知與類風濕性關
有針對瓜胺酸化的相關工具提供使用。因此,本研 節炎、多發性硬化症和阿茲海默症 (Alzheimer s
究發展一套針對資料量不足情況下,使用機器學習 Disease) 等疾病有關[3, 5, 9-11] ,其中PAD4是唯一
建構預測模型之實驗方法,並用於發展蛋白質瓜胺 具有細胞核定位訊號(Nuclear Localization Signal) ,
酸化位置預測工具。從 8種特徵;文獻收錄之催化 可使蛋白經由膜孔到細胞核中,主要表現於淋巴細
規則、序列相似度、演化保留訊息、胺基酸理化和 胞、內皮細胞、單核細胞和巨噬細胞,此外,近幾
生化特性、二級結構、蛋白質不穩定結構及結構表 年的文獻指出,PAD4調節真核細胞中的基因的轉
面可接觸性,透過資料與編碼後產生解決出不同解 錄,並與 p53在 DNA修復都有密切的關係 [12] 。
決問題能力的預測模型,進而透過整合方式獲得進 然而,對於胜肽精胺酸脫亞胺酶,其受質之序
一步提升的預測能力。而在機器學習的過程中,要 列特定性以及蛋白質專一性,目前並不清楚,且其
如何調整適當的學習權重以獲得較佳的預測模 受質參與細胞內的調控路徑目前尚未全然釐清。若
型,本研究以基因演算法並支持向量機作為適性函 要進一步探究蛋白質瓜胺酸化所造成的結果,在生
數,挑選出適合之特徵權重最為訓練。其過程中並 物上之意義或與疾病之相關性,尚須鑑定蛋白質瓜
與前人文獻中之胜肽精胺酸脫亞胺酶催化規則有 胺酸化,進而了解其生物作用與功能途徑 [13] 。因
所呼應,最終生物意義並打破以往挑選最佳預測模 此有研究利用蛋白質陣列試圖尋找胜肽精胺酸脫
型方式,以模型學習過程及特徵重要性做為評估方 亞胺酶之受質 [14] 。但人類蛋白質數量龐大且生物
式。最終模型準確可達 Sn :0.79 、Sp :0.98 、Acc : 實驗費時費力,若能藉由資訊的計算提供最有可能
0.89及 MCC :0.79 。 之瓜胺酸化受質蛋白,可能將幫助實驗減少所需花
費的金錢與時間。
但目前也無相關工具輔助實驗設計,為此,本
關鍵詞 :瓜胺酸化、胜肽精胺酸去亞胺酶
您可能关注的文档
最近下载
- 中职《幼儿心理学》课程教学课件-项目二任务3 感知觉规律的运用.pptx VIP
- Hasselblad哈苏H6中文说明书.pdf
- (人教2024版)一年级数学上册《数学游戏》单元复习讲义.docx
- 木材人造板制造工艺考核试卷.docx VIP
- 百家争鸣(共张PPT)-PPT课件模版[1].pptx
- 《无障碍设施施工验收及维护规范》(GB50642—2011)的解读.pdf VIP
- 13_一等奖丨清华大学丨“三位一体,三创融合,开放共享”创新创业教育体系和平台的创建(20220427推文).pdf VIP
- 百得两用燃烧机TBML 1200 ME电子控制器调试安装说明书.pdf
- 磁共振成像原理与临床应用完整版.ppt VIP
- 人教2024版英语七年级上册Starter Unit 1- Unit 3基础知识练习(含答案).docx VIP
文档评论(0)