吲哚喹啉生物碱衍生物与dna作用研究 - 中山大学化学与化学工程学院.doc

吲哚喹啉生物碱衍生物与DNA作用研究 卢宇靖 古练权* 中山大学化学与化工学院，广州 510275 摘要 通过紫外可见光谱研究了一系列新型的吲哚喹啉生物碱衍生物与DNA的作用方式，表明了该化合物与DNA具有良好的嵌入作用，为该类化合物具有良好的抗肿瘤效果提供了可能的作用机理。 关键词 吲哚喹啉生物碱衍生物 DNA 作用机制 嵌入作用 抗癌药 吲哚喹啉生物碱是自然界比较稀少的生物碱，而quindoline和Cryptolepine (图1) 是这一家族的最好代表，这两个化合物分别在1977年和1929年从西非的植物Cryptolepis sanguinolenta中分离出来[1]。吲哚喹啉生物碱具有广泛的生理特性，包括hypotensive、antipyretic、antimuscarinic、antibacterial、antiviral、antihyperglycemic等等[2]。研究表明Cryptolepine是一种有效的DNA拓扑异构酶II抑制剂，能够抑制B16黑素瘤的DNA合成[3]。 图1 2002年John N. lisgarten 应用单精衍射法研究了Cryptolepine与DNA片断d(CCTAGG)2的作用，发现Cryptolepine以π-π堆积方式嵌入到片断的嘧啶碱基之间，这是第一个小分子与DNA嘧啶-嘧啶不变序列嵌入作用的单晶结构[3]。 临床使用的许多抗癌药物如阿霉素都是与DNA有较强的嵌入作用 [4]。这类DNA嵌入剂抗癌药物能够牢固地，又可逆地嵌入DNA双螺旋，但它们对结构有特定的要求，具有一些共同的结构特征。首先，它们都具有一组或多组非簇状线性稠和芳环（不少于3）。小分子的发色团就有足够的面积进行嵌插结合，而且要求稠环呈平面，易于插入DNA碱基对。但这不能产生充分有效的抗癌活性，即使它具有嵌入作用的能力。如果想有良好的抗癌活性，在小分子发色团的适当位置连上一条（或几条）侧链是很必要的，而且侧链上能够形成正电荷中心；而对正电荷中心的距离、位置和pKa值也有严格的要求[5]。因为带正电荷的侧链从DNA的沟槽接近DNA，刚好能与呈电负性的DNA磷酸骨架通过静电作用。对于中性发色团的小分子，一般有一条（或几条）带正电荷的侧链 [6]；如果发色团本身带正电荷，一般带一条（或几条）位阻较大的侧链（EB，amsacrine）。可以推测，这些侧链对DNA和药物的复合物有额外的稳定作用，同时影响药物与DNA结合的动力学过程[7]。 我们根据上面的理论，以吲哚喹啉生物碱为母体合成了一系列的吲哚喹啉生物碱衍生物，并系统研究了化合物Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ与DNA的相互作用（图2）。 图2 1 实验部分 1.1试剂与仪器 吲哚喹啉生物碱衍生物化合物是根据本实验室的合成方法合成的，均通过NMR、IR、FAB质谱表征，合成的化合物都是色谱纯的。小牛胸腺DNA是Sigma化学公司的产品，其它试剂均为分析纯，是广州试剂一厂的产品。 紫外可见吸收光谱是在UV-2501PC 型紫外光谱仪上测定的；溶液pH值由Orion Model 720A pH计所确定，所用的溶液为双蒸水。 1.2. 实验方法 1.2.1 溶液的配置 （1） 0.1 M pH 7.4 Tris-HCl缓冲溶液配置：向500 mL 0.1 M 三-羟甲基-胺基甲烷水溶液中缓慢滴加0.1 M HCl水溶液，混匀，用pH计调节溶液pH值至7.4。 （2）DNA溶液的配置：称取适量的小牛胸腺DNA溶于缓冲溶液中，抽滤，滤液按需要稀释到一定浓度，测量260nm和280nm处吸收值，经UV谱检验A260/A280＝1.8~1.9，表明基本上不含蛋白质，纯度符合要求。DNA浓度以碱基对摩尔浓度计，测量DNA在260nm处的吸收光度，然后根据260 nm的吸光系数6600M-1 cm-1来确定DNA浓度为1.102×10-3mol/L （3）样品溶液：称取一定量各种待分析样品成盐后用缓冲溶液定容。 1.2.2吸收光谱滴定 在紫外可见光谱仪中，向参比池中加入缓冲溶液，在样品池中加入同样体积的5×10-5mol L-1的样品溶液。用微量进样器每次往参比池和样品池加入相同体积的DNA溶液，使DNA与样品浓度比值不断增加，直至饱和，样品的吸收峰不再减色。 2 结果与讨论 2.1化合物溶液性质 2.1.1 化合物不同浓度时的存在形式 化合物具有一组或多组稠和芳环，它们在一定浓度时可能通过π－π堆积而形成二聚或多聚，所以我们应用吸收光谱滴定进行观察。在紫外光谱仪中，向参比池中加入一定的缓冲溶液，在样品池中加入一定体积的样品溶液，不断增加样品的浓度，直到饱和，样品的吸收峰不色。 数据处理可知化合物在c≥4.64×10-5 mol L-1 时