ADF中文教程：如何使用高阶的溶剂化功能3D-RISM.pdfVIP

费米科技 （北京 ）有限公司 如何使用高阶的溶剂化功能3D-RISM 背景知识： 与COSMO、SCRF 等溶剂化模型相比，3D-RISM 溶剂化模型，对溶剂、溶质、二者的相互作 用考虑的更细致。例如COSMO 溶剂化将溶剂简单地考虑成一个连续的介质（所以要求输入溶 剂的介电常数，当然ADF 中已经内置了常用的几十种溶剂的介电常数等参数），完全不考虑溶 剂分子的内部微观结构。溶剂对溶质分子的作用，为一个宏观的“场”的作用。 3D-RISM 更细致的考虑了溶剂分子，到微观原子层面（还未到电子的层面）。因此考虑了溶剂 分子中的原子与溶质分子中的原子的相互作用被考虑到了（当然精度如何就不一定了）。而如何 考虑溶质与溶剂之间原子的相互作用，则借用了Lennard-Jones 力场的作用模型。因此下面可 以看到，要输入大量关于原子的来自Lennard-Jones 力场的参数。 由于参数太多，所以目前没有将其图形化。必须手动修改参数（具体见下面的介绍）。因此这个 功能属于专家级功能。 可以用于溶质分子的电子结构计算、过渡态搜索、频率计算等等。 使用方法： 如下以乙醇分子在水溶液中为例演示。 第一步：常规参数设置，参考费米科技WIKI 中的其他案例。 第二步：3D-RISM 相关的设置： 1）需要将密度拟合从默认的Zlm 方法改为STO 拟合： 2）设置溶剂 费米科技 （北京 ）有限公司 费米科技 （北京 ）有限公司 其中的参数如下： RISM title RISM1D FLUIDPARAM temper=298. DielConst=78.497 UTotDens=1/A3 0.03333 SUBEND SOLVENT water UNITS uWeight=g/mol ULJsize=A ULJenergy=kcal/mol Ucoord=A Udens=1/A3 PARAMETERS Weight=18.015 nAtoms=2 1 -0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000 2 0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359 0.816490 0.00000 0.577359 DENSPE=0.03333 费米科技 （北京 ）有限公司 费米科技 （北京 ）有限公司 SUBEND SOLUTE water BOXSIZE 10 10 10 BOXGRID 100 100 100 SUBEND END 图中，溶剂分子的详细参数： nAtoms 是原子（或官能团）的种类数目，水分子做为溶剂，此处有两种：O 原子和H 原子。 1 -0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000 2 0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359 0.816490 0.00000 0.577359 1 是原子（或官能团）的序号； -0.8476 是在溶剂分子中，该原子的点位电荷（site charge），这个值可以查表（见本文附录 的参数）或者通过计算得到； 3.166 和0.1554 是所谓的σ 和ε 。溶剂分子中，每个原子这两个值可以在Lennard-Jones α α 力场参数集中查到； 后面的三个数字是该原子的xyz 坐标。对此处而言，也就是需要创建一个水分子，将其xyz 坐 标列出来。此处的坐标与溶质分子没有关系。可以是在任意坐标系下，或者说坐标原点可以随意 设置。 2 0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359 0.816490 0.00000 0.577359 费米科技 （北京 ）有限公司 费米科技 （北京 ）有限公司 这是H 原子的，因为这个类别，有两个原子，所以前面的参