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粗糙集算法在预测RNA保守功能二级结构中的应用
第2 9 卷第10 期 东 北 大 学 学 报 ( 自 然 科 学 版 ) Vol 29 ,No . 10
2 0 0 8 年 10 月 Journal of Nort heastern U niver sity (N at ural Science) Oct . 2 0 0 8
粗糙集算法在预测 RNA
保守功能二级结构中的应用
1 ,2 2 1
付昊月 , 张祥德 , 薛定宇
( 1. 东北大学 信息科学与工程学院 , 辽宁 沈阳 110004 ; 2 . 东北大学 理学院 , 辽宁 沈阳 110004)
摘 要 : 提出了一种预测 RNA 保守功能二级结构的粗糙集算法 使用粗糙集工具 Rosetta 软件 ,在保守
·
结构预测过程的数据挖掘模块中 ,应用经过整理和离散化的 RNA 备择碱基对数据生成规则确定出将要出现
在同源 RNA 序列的保守二级结构中的碱基对 将此算法应用在对爱滋病病原体 HIV 病毒 RNA 中 R EV 应答
·
元件单元的保守二级结构预测的结果表明 ,与传统的非数据挖掘算法相比 ,使用了这种机器学习算法的粗糙
集预测方法 ,使得保守功能结构与野生型结构更加相似 ,重要的功能结构分支更加清晰明确 ·
关 键 词 : RNA 二级结构 ;粗糙集 ;R EV 应答元件 ;保守结构预测 ; HIV ;Rosetta
中图分类号 : TP 39 1 文献标识码 : A 文章编号 : (2008)
A Rough Set Algorithm to Predict RNA Conserved Secondary
Structure
1, 2 2 1
F U H aoy ue , ZHA N G X iangde , X U E D i ngy u
( 1. School of Information Science Engineering , Nort heastern University , Shenyang 110004 , China ; 2 . School
of Sciences , Nort heastern University , Shenyang 110004 , China . Correspondent : FU Haoyue , Email : fuhaoyue
@ tom . com)
Abstract : A rough set algorit hm was p resented to p redict t he RNA conserved secondary
st ruct ure . The date generating rules were made for t he collated and discretized alternative RNA
base p air s in t he date mining modules for t he p redicting p rocess of conserved st ruct ure by using
t he rough set software Ro sett a as a tool . Wit h t hese rules ,
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