第3讲 北京超算手册.pdfVIP

深腾7000 使用指南 中国科学院计算机网络信息中心 超级计算中心 2010 年 5 月 11 日 注意事项 1. 《深腾7000 使用指南》最新版可登陆深腾 7000 后到/home_soft/doc 目录 下载。 2. 请用 bqueues 命令查看可用队列,用 bqueues –l 队列名〉查看队列具体 设置。对队列资源有特殊要求的用户，可与客服部联系开通专用队列。 3. 胖节点部分为 IA64 结构，只能将 IA64 可执行代码由head （0） 提交到胖节点队列；集群部分为 X86_64 结构，只能将 X86 可执行代码由LB 登陆节点（6）提交到集群队列。 4. 由于计算刀片采用无盘架构，不允许用户在/tmp 目录下放大量临时文件。 5. /datastore/userdata 目录用户可以存放非常用的重要数据，该目录下的数 据将定期迁移到磁带库，需要的用户可以向超算中心提出申请。常用文件建 议在其它目录有拷贝，因为迁移至带库的文件访问效率很低；建议小文件打 包后再放在该目录下，便于数据迁移。不要将该目录作为工作目录。 6. /datastore/workspace 目录作为用户工作空间已经对用户开放使用，需要 的用户可以向超算中心提出申请。但该目录数据不做备份，重要数据请勿在 该目录下长期存放。 7. 厚节点专用文件系统/gpfs1,/gpfs2 已经对用户开放使用，需要的用户可以 向超算中心提出申请。但该目录数据不做备份，重要数据请勿在该目录下长 期存放。 8. 商业软件的使用请参照各商业软件使用指南。 9. 请使用深腾 7000 之前认真阅读该使用指南，如有其它问题可发邮件至 support@ 邮箱，邮件中务必提供账号名、出错作业号、输出文件、 错误文件或出错信息，关于登陆问题最好能提供截图。提供的信息越明确， 越有助于问题快速解决。 10.对于不通过作业系统提交的非法程序，资源利用率低 （占多用少）、影响其 他用户作业运行、影响系统正常运行的作业，我们将随时在不通知用户的情 况下予以清除。 1. 系统配置简介 4 2. 用户登录、数据存储、传输与工作空间 5 3. 程序开发调试环境 6 4. 并行开发环境 8 4.1. 集群部分 8 4.2. SGI 胖节点 8 5. 作业提交、资源管理 9 5.1. 队列设置 9 5.2. 使用 bsub 提交作业 10 5.2.1. bsub 命令常见用法 10 5.2.2. 使用 bsub 脚本多次提交具有相同参数的作业 13 5.2.3. bsub 命令执行结果 14 5.3. 查看作业运行情况 14 5.4. 查看运行中作业的标准（屏幕）输出信息 15 5.5. 挂起和释放作业 15 5.5.1. 挂起作业 15 5.5.2. 释放作业 16 5.6. 删除作业 16 5.7. 查看作业输出信息 16 5.8. 查看历史作业信息 16 5.9. 其它命令简介 16 1. 系统配置简介 深腾 7000 百万亿次机采用混合结构的高性能计算集群架构，由采用 Intel Xeon 处理器的集群部分与采用 Intel Itanium2 处理器的胖节点部分组成，适 于不同的应用计算。但要注意的是，这两部分节点的程序二进制代码不兼容。 集群部分包括认证服务器、前端机、管理节点、登陆节点、启动节点、I/O 节点、备份节点和计算节点。其中，计算节点包括刀片和厚节点，配置如下：  1140 个普通（刀片）节点，每个刀片配置两颗四核 Xeon 处理器 E5450， 主频 3.00GHz，32GB 内存；  38 个厚节点，IBM X3950M2 服务器，每个厚节点配置 16 颗四核 Xeon 处 理器 X7350，主频 2.93GHz，512GB 内存；  12 个可视化节点（采用机架式服务器），2 颗 Intel Xeon E5450，32GB