从基本粒子到生物圈.pptVIP

Introduction to Bioinformatics 罗静初 北京大学生物信息中心 luojc@ / Nature 171, 737-734 (1953) (C) Macmillan Publishers Ltd. Molecular structure of Nucleic Acids WATSON, J. D. CRICK, F. H. C. Medical Research Council Unit for the Study of Molecular Structure of Biological Systems, Cavendish Laboratory, Cambridge. 编号：U00096 名称：Escherichia coli 菌株： K-12 MG1655 基因数：4293个 碱基数：4639221 bp 生物信息的开发和应用 以核酸蛋白质等生物大分子为主要研究对象 以信息、数理、计算机科学为主要研究手段 以计算机网络为主要研究环境 以计算机软件为主要研究工具 对序列数据进行存储、管理、注释、加工 对各种数据库进行查询、搜索、比较、分析 构建各种类型的专用数据库信息系统 研究开发面向生物学家的新一代计算机软件 生物信息学研究 利用数理统计、模式识别、动态规划、密码解读、语意解析、信令传递、神经网络、遗传算法以及隐马氏模型等各种方法 对序列、结构数据进行定性和定量分析，从中获取基因编码、基因调控、序列-结构-功能关系等理性知识 阐明细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡的基本规律和时空联系 探索生命起源、生物进化、生命本质等重大理论问题，最终建立“生物学周期表” 生物信息学 – 研究方向 基因组序列装配 基因识别 基因功能预报 基因多态性分析 基因进化 mRNA结构预测 基因芯片设计 基因芯片数据分析 疾病相关基因分析 国际著名生物信息中心Bioinformatics Centres NCBI National Center for Biotechnology Information (US) EBI European Bioinformatics Institute (EU) HGMP Human Genome Mapping Project Resource Centre (UK ) ExPASy Expert of Protein Analysis System (Switzerland ) CMBI Centre of Molecular and Biomolecule (The Netherlands) ANGIS National Genome Information Service (Australia) NIG National Institute of Genetics (Japan) BIC National Bioinformatics Centre (Singapore) EMBnet国家节点 欧洲: 奥地利、比利时、丹麦、法国、芬兰 、德国、希腊 匈牙利、爱尔兰、以色列、意大利、挪威、 波兰、葡萄牙、斯洛伐克、西班牙、瑞典、瑞士、荷兰、土耳其、英国 亚洲: 中国、印度 澳洲: 澳大利亚 北美洲: 加拿大 非洲：南非 南美洲: 阿根廷、古巴、智利、墨西哥 生物技术和信息技术是21世纪的两大经济发展支柱，生物信息学是生命科学和信息科学的结合点，是当今自然科学新的前沿领域。生物信息资源建设是生物信息研究开发的基础。 数据库查询 数据库搜索 文件下载 网络教程 网络新闻 序列分析 序列装配 分子模型 结构分析 药物设计 2000年CBI主服务器页面访问量 安装了70多个数据库，提供200多种软件下载 建立了14个国外著名生物信息中心镜象 提供了数据库和文献查询、搜索 构建了中华民族基因多样性等专用数据库 集成和开发了基于Web的生物信息软件工具 开展了分子模拟、序列分析等应用研究 举办了国际国内培训班、讲习班、讨论会 开设了生物信息学概论研究生课程 构建二次数据库 中华民族基因多样性数据库 转录因子细胞特异性数据库Cytomer 蛋白质结构域数据库Domain 蛋白质回环数据库Loop 水稻矮缩病毒数据库RDV 二硫键信息数据库Bridge 蛋白质回环数据库 蛋白质二硫键数据库 拟南芥突变体库数据库—北大耶鲁合作项目 Computer Aided Vaccine Design System Friends all over the world 1998.4 – EMBnet生物信息讲习班 1998.6 – EMBL分子模型培训班 1998.9 – 药物设计培训班 1999.4 – ICGEB国际生物信息讲习班 1999.11 – 中瑞