数量性状单个候选基因检测效率的模拟分析论文.pdfVIP

42Ⅲ中国动物遗传育种研究进展 数量性状单个候选基因检测效率的模拟分析 高会江1 罗静1谷伟1杨润清2 (1东北农业大学动物科学技术学院，哈尔滨，150030) (2．上海交通大学农业与生物学院，上海，201101) 摘要：本文采用MonteCarlo模拟方法分析了各种因素对一对数量性状候选基因检测效率的影响： 采用回归分析法估计候选基因检测分析统计模型的参数；考虑了群体大小(个体数)、候选基因遗传贡献 率和基因频率等3个因素。模拟试验结果表明：个体数对检测效率的影响不如遗传贡献率显著；检测高 遗传贡献率的候选基因要比低遗传贡献率需要的群体要小；基因频率对候选基因的检测效率几乎没有 影响。分析影响数量性状候选基因检测效率的因素对候选基因的检测实践具有重要指导意义。 关键词：数量性状；候选基因；检测效率；蒙特卡罗模拟 近年来，对QTL的定位研究主要有候选基因法和连锁分析法二种基本方法，它们分别用候选基因 或遗传标记号性状表型值进行关联分析来鉴定和定位数量性状位基因座(QTL)。其中候选基因法因其 高的统计效力、低的试验成本和便于操作而被广泛应用于动植物遗传育种研究中。在过去的几十年里， 无论是在方法理论的探讨方面还是对实际资料的分析，候选基因法研究都已经取得了很大的进展，但是 确定候选基因是某数量性状的主效基因或与功能基因相连锁的标记基因时，所需最低的群体规模、遗传 贡献率的大小以及候选基因贡献率的大小等，都没有定论，网此本文采用MonteCarlo法模拟分析抽样个 体数、候选基因频率和遗传贡献率等因素对数量性状候选基因检测统计效率的影响。 1分析原理 候选基岗在一对等位基凶的情况下，每个位点有三种可能的基因型，分别用从、知和aa表示，则 个体表型值的遗传模型可表示为：孔=It+g。+e (1) 其中：i=1，2，…，n；It为群体均值效应；e为剩余误差，可能包括多基因效应和误差效应。 遗传固定效应定义为 旷㈠ 这里，a为候选基因的加性遗传固定效应，d为显性遗传周定效应。 构造相应的统计模型：Y：=∥+zia+wid+e (2) 其中：毛和11)．分别为个体候选基因型指示变量，定义为： 盈：fj竺。。：f：AAA。 t一1 aft t0 aa 即当基因型为制时，指示变量盈和毗分别为1和0，基因型为A。时，指示变量：。和w。分别为0 和1，基因型为aa时，指示变量毛和毗分别为一1和0。 1．2统计方法 模型(2)的矩阵形式为：Y=勋+∞+砌+e (3) 数量遗传与动物育种田43 『盖7盖盖’JXw1 『卢] 『爿。Y] 式中，Y为n个个体表型值所组成的列向量；我们令A=|zXz’=z’Ⅲl，B=ld『，c=lzyI， l。，x。，；wwJldJ L。，，J 型参数的估计值。 1．3假设检验 拒绝凰，则表示候选基因效应存在。检验假设采用F统计量：，=石号苎普戛；；}孚毛 (4) 这里，B“=[dahqd为A“中B“对应的子块。当凰为真时，F。(F(2．。一3)。 2模拟研究 采用MonteCarlo方法模拟产生实验群体，每一基因位点有三组基因型。枉模拟产生群体时，首先利 用乘同余法产生均匀分布的伪随机数，并对其进行参数检验、均匀性检验(包括x2检验和柯尔莫哥诺夫 个个体候选基因的基因型。 在候选基冈检测效率分析模型中，假设候选基因效应为固定效应，令其中的群体均值效应项为0， 在给定候选基因加性和显性效应(a。‘jd。)以及