罗氏454测序解读大西洋鳕鱼基因组.docVIP

罗氏454测序解读大西洋鳕鱼基因组，发现新的免疫系统最近《自然》杂志在线发表的一项研究中，一个国际研究小组首次完成了大西洋鳕鱼全基因组测序，并意外发现这个物种的独特的免疫系统。由奥斯陆大学领导，由挪威的大学以及水产生物研究机构，利用罗氏公司454测序系统完成了这一高度复杂的鳕鱼的基因组的全新测序，而其所用测序方法的时间和成本比起传统方法而言的只是一小部分。引人注目的是，研究人员发现，大西洋鳕鱼的免疫系统丢失了许多被认为对于免疫系统是非常重要的基因。这一调查结果对于所有的脊椎动物免疫系统的进化过程提供了新的思路。??????? “The overall aim of this initiative was to obtain the entire genome sequence of the Atlantic cod utilizing cutting edge sequencing technology,” said study lead Professor Kjetill S. Jakobsen from the Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, University of Oslo. “We had not expected to find that the Atlantic cod had lost such a crucial component of its immune system.” Despite lacking genes essential for the function of the major histocompatibility (MHC) II pathway, the Atlantic cod appears to function normally and relies on an increased number of MHC I genes and Toll-like receptor genes for its immune response. This finding will potentially allow for the development of more targeted vaccine development – aiding disease management and the process of domestication of Atlantic cod.??????? 奥斯陆大学生态和进化的合成研究中心Kjetill S. Jakobsen 教授说：“我们的目标是利用尖端的测序技术获得的大西洋鳕鱼整个基因组序列，我们原本并没有预计会发现大西洋鳕鱼的其免疫系统缺失一些对于于免疫而言的重要组成部分。”尽管缺少对于主要组织相容性复合体（MHC）II途径的一些必要的基因，大西洋鳕鱼通过增加的MHC I基因和Toll样受体基因的数量来维持其正常的免疫功能。这一发现将帮助更有针对性的开发疫苗研制，以协助大西洋鳕鱼的疾病管理和驯化过程。??????? The complete genome sequence was generated exclusively using 454 Sequencing Systems with a combination of GS FLX Titanium shotgun, 3 kb, 8 kb and 20 kb paired end reads. In the end, the researchers obtained 40x genome coverage and generated a high-quality draft assembly using the 454 GS De Novo Assembler Software (Newbler). The consortium plans to use the assembly and fully annotated genome to identify genes and genetic variations associated with important traits for cod aquaculture and wild stocks.??????? 这次完整的基因组的测序工作完全由454测序系统完成，使用了GS FLX Titanium的3 KB，8 KB和20 KB paired end shot gun方案。最终，研究人员获得40倍的基因组的覆盖面和运用454 GS的De Novo序列拼接软件（Newbler）绘制出了高质量的草图。该研究组计划利用注释后的基因组确定与水产养殖及野生的