分子动力学模拟及其在选矿中的应用 - 有色金属科学与工程.docVIP

分子动力学模拟及其在选矿中的应用processing Guichun He Yanan Hua Wei Jiang （School of Resource and Environmental Engineering, Jiangxi University of Science and TechnologyGanzhou 341000, China）This paper introduces the molecular dynamics simulation and its application to the interaction between minerals and reagent, the behavior of reagent and the structure of minerals in detail. The macroscopic display that can not be done by traditional flotation method of flotation behavior can be achieved through the methods of molecular dynamics simulation in molecules perspective. The combination to the traditional flotation methods is the key points to the molecular dynamics simulation. The development of better force field and the connection to the quantum chemistry is the development direction of the molecular dynamics simulation. Key words: molecular dynamics simulation; flotation behavior; the structure of minerals; quantum chemistry 分子动力学模拟即为Molecular Dynamics Simulation，简称MD[]，是计算复杂体系的有效方法。世纪60年代Alder[]等人首先采用分子动力学模拟方法研究凝聚态液体和气体的状态方程，开创了分子动力学研究物质宏观性质的先例。节省试验成本和时间，增加试验的安全性提高试验的针对性分子动力学模拟方法目前已经拓展到了生命科学[]、生物工程[]、地球物理[]、材料[]、医学[]等各个领域，成为了一种非常普遍的研究手段。 分子动力学模拟是基于应用力场和牛顿运动力学方程所发展的一种计算机模拟方法[]。力场是分子动力学模拟能够实现的基础没有针对模拟体系合适的力场，就不可能得到正确的分子动力学模拟结果。分子的总能量为动能与势能之和分子的势能通常可表示为简单的几何坐标函数，以这样的数学形式表示的势能函数就称作力场。比如，将双原子分子AB的振动势能A与B间键长的函数： 中，为弹力常数，为键长，为AB的平衡键长。此时，函数就称作双分子体系AB的力场。对于复杂体系的分子而言，其总势能一般表示为： 中，为范德华非键结势能，为键伸缩势能，为键角弯曲势能，为双面角扭曲势能，为离平面振动势能，为库伦静电势能。 近几十年来，随着计算机硬件水平的不断提高，分子力学与分子动力学理论的不断发展，由原先的单原子分子系统逐渐拓展到含有复杂多分子体系。各种新型力场层出不穷，有些力场已经越来越完善。但都有自己的适用范围和局限性。本文介绍了Material Studio软件中常见的力场，如COMPASS[]、pcff[]、Dreiding[]。 COMPASS (Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies)力场的出现标志着力场研究的突破。它是第一个从头算法的力场，能够精确的模拟和预测气相的结构、构象、振动等性质，凝聚态的状态方程、内聚能等性质。正是由于COMPASS力场的大多数参数来源于从头算法，使能够广泛的适用于共价分子体系，如大多数常见有机物、无机物和聚合物、金属、金属氧化物和金属卤化物。 pcff（polymer consistent forcefield）力场是基于CFF91力场发展而来的，被应用于聚合物和有机材料。pcff力场可用于聚碳酸酯类、多糖类等聚合物无机和有机材料，包括约20种金属（Li，K，Cr，Mo，W，Fe，Na，Ni，Pd，Pt，Cu，Ag，Au，Al，Sn，Pb）、糖类、脂类和核酸以及惰性气体（