表达序列标记EST研究进展.pdfVIP

( ) 第 20 卷第 4 期 泉州师范学院学报 自然科学 Vol. 20 　No. 4 2002 年 7 月 Journal of Quanzhou Normal College (Natural Science) J ul. 2002 ( ) 表达序列标记 EST 研究进展 孙亮先 ,谢进金 ,黄周英 (泉州师范学院 生物系 ,福建 泉州　362000) ( ) 　　摘 　要 :表达序列标记 EST 是通过对 cDNA 文库克隆进行大规模测序所获得的 5′或3′端序列,长度一 般为 300～500 bp ,可代表生物体某一时间内某组织中表达的基因. 本文就 EST 技术原理、概念最新发展及其 在大规模快速克隆基因、基因功能分析等方面应用进行综述. ① 关键词 :表达序列标记 ;基因克隆 ;生物信息学 + ( ) 中图分类号:Q575 . 12 　　文献标识码 :A 　　文章编号 :1009 - 8224 2002 04 - 0075 - 05 真核生物基因组庞大 ,其中仅有约2 ～3 % 的序列编码基因. 如人的基因组由31. 647 亿bp 组成 ,约 有2 % 的序列编码3. 3 万个基因 ;水稻基因组为4. 2 亿bp ,编码约5 万个基因. 直接从如此众多的碱基序 列中克隆基因 ,相当费时费力. 要确定几万个基因的表达方式及相互间的关系 ,如果按照传统的逐个基 因进行的方法 ,几乎是不可能完成的工作. 但是 ,假如从基因的转录本 ———mRNA 着手 ,对基因分离纯 化 ,并进行功能和表达模式分析及定位 ,则相对经济快捷. EST( Expressed Sequcence Tags) 技术就是基 于这种认识而发展起来的 . EST 是指通过对 cDNA 文库随机挑取的克隆进行大规模测序所获得的 cDNA 的 5′或3 ′端序列,长度一般为 300 ～ 500 bp. EST 是基因的“窗口”,可代表生物体某种组织某一 [1 ] [2 ] 时间的一个表达基因 ,故被称之为“表达序列标记” . EST 概念提出后 ,被广泛应用于基因克隆 、功 能分析[3 ,4 ,5 ] 等方面 ,直接推动了人类基因组计划提前完成 ; EST 技术也是cDNA 芯片技术的基础 ,将在 执行 EST 计划中所获得的序列点制成芯片 ,则成为研究基因功能的强大平台. 在后基因组时代 EST 技 术和基因芯片技术作为最重要的平台将显示出更加的重要作用. 1 　EST 技术的原理和方法 基因表达遵从中心法则 , 在此过程中遗传信息的流向为 DNA →RNA →蛋白质 , 即遗传信息由 DNA 序列经转录、剪接后流向 mRNA ,再经翻译 ,产生有功能的蛋白质. 真核生物基因组中存在内含子 , 转录后经剪接去除内含子 ,所以仅含外显子. 一个典型的真核生物mRNA 分子由 5′- U TR (5′端转录非 ) ( ) ( ) ( ) 翻译区 ,ORF 开放阅读框架