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教程:用abcluster 搜索化学团簇的全局和局部极小点
教程:用ABCluster
搜索化学团簇的
全局和局部极小点
作者:张鋆
zhangjunqcc@
目录
• ABCluster介绍
• ABCluster原理
• ABCluster配置
• 实例:SO 2-(H O) 的结构搜索
4 2 10
• 实例:与Gaussian连用:B O
2 3
• 实例:与Gaussian连用:(BH )(H O)-
4 2 2
• 实例:用Gupta势搜索金属团簇
• 实例:自行构造力场:(NH ) CO
2 2
• 实例:自行编写程序接口
• 尾声
ABCluster介绍
ABCluster是什么?
• ABCluster:用于搜索化学团簇的全局和局部极小点
• ABCluster=ABCalgorithmforCluster
• ABC为ArtificialBeeColony,为一种启发式全局优化算
法,但ABCluster为黑箱软件,用户完全不需了解此算法
的原理,就可以直接地用ABCluster进行化学问题的研究
• 可以用自身的力场搜索,也可以与任意量子化学、计算化
学软件无缝连用
• 支持Windows,Linux和MacOSX
• 免费,易用,强大!
效率
• 像这样一个团簇,只要你有水和尿素的结构,ABCluster
可以在几分钟内搜索到这个全局极小点以及无数个局部极
小点的结构!
• 省去无数人工搭建的步骤!
ABCluster历史
• ABCluster最早的代码在德国科隆大学(Universitätzu
Köln)写于2014年12月。最早版本内部称为x-optimizer
• 经过对ABC算法的研究和优化,在2015年10月对外发布
1.0版
• 期间经过不断的开发,添加功能,修正错误,在2016年4
月发布1.4版
• 程序发布半年间已经在很多组的工作中得到了应用
ABCluster的成功应用
• J.Am.Chem.Soc.2016,138,11368
+
实验发现一种阳离子自由基团簇Al Mg O 具有活化CH 的功能。通过
2 2 5 4
ABCluster和Gaussian,成功的搜索到了团簇的多个结构,并确定A01
为全局极小点。该结构成功解释了甲烷活化可竞争的两种机理。
ABCluster的成功应用
• Phys.Chem.Chem.Phys.2016,18,26827
为了解释质子化NH 团簇的光谱,用ABCluster搜索了不同尺寸的
3
H+(NH) 的全局极小点,所得结构的计算光谱与实验非常吻合。
3 n
ABCluster的成功应用
还有很多……
• RSCAdv.2016,6,66007
• Theor.Chem.Acc.2016,135,204
• J.Phys.Chem.C2016,120,18570
• J.Chem.Phys.2016,145,161103
• J.Phys.Chem.Lett.,2016,7,154
• Phys.Chem.Chem.Phys.2016,18,26827
• J.Am.Chem.Soc.2016,138,11368
• App.SoftComputing2016,49,423
• ……
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方法是引用ABCluster的原
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