教程:用abcluster 搜索化学团簇的全局和局部极小点.pdf

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教程:用abcluster 搜索化学团簇的全局和局部极小点

教程:用ABCluster 搜索化学团簇的 全局和局部极小点 作者:张鋆 zhangjunqcc@ 目录 • ABCluster介绍 • ABCluster原理 • ABCluster配置 • 实例:SO 2-(H O) 的结构搜索 4 2 10 • 实例:与Gaussian连用:B O 2 3 • 实例:与Gaussian连用:(BH )(H O)- 4 2 2 • 实例:用Gupta势搜索金属团簇 • 实例:自行构造力场:(NH ) CO 2 2 • 实例:自行编写程序接口 • 尾声 ABCluster介绍 ABCluster是什么? • ABCluster:用于搜索化学团簇的全局和局部极小点 • ABCluster=ABCalgorithmforCluster • ABC为ArtificialBeeColony,为一种启发式全局优化算 法,但ABCluster为黑箱软件,用户完全不需了解此算法 的原理,就可以直接地用ABCluster进行化学问题的研究 • 可以用自身的力场搜索,也可以与任意量子化学、计算化 学软件无缝连用 • 支持Windows,Linux和MacOSX • 免费,易用,强大! 效率 • 像这样一个团簇,只要你有水和尿素的结构,ABCluster 可以在几分钟内搜索到这个全局极小点以及无数个局部极 小点的结构! • 省去无数人工搭建的步骤! ABCluster历史 • ABCluster最早的代码在德国科隆大学(Universitätzu Köln)写于2014年12月。最早版本内部称为x-optimizer • 经过对ABC算法的研究和优化,在2015年10月对外发布 1.0版 • 期间经过不断的开发,添加功能,修正错误,在2016年4 月发布1.4版 • 程序发布半年间已经在很多组的工作中得到了应用 ABCluster的成功应用 • J.Am.Chem.Soc.2016,138,11368 + 实验发现一种阳离子自由基团簇Al Mg O 具有活化CH 的功能。通过 2 2 5 4 ABCluster和Gaussian,成功的搜索到了团簇的多个结构,并确定A01 为全局极小点。该结构成功解释了甲烷活化可竞争的两种机理。 ABCluster的成功应用 • Phys.Chem.Chem.Phys.2016,18,26827 为了解释质子化NH 团簇的光谱,用ABCluster搜索了不同尺寸的 3 H+(NH) 的全局极小点,所得结构的计算光谱与实验非常吻合。 3 n ABCluster的成功应用 还有很多…… • RSCAdv.2016,6,66007 • Theor.Chem.Acc.2016,135,204 • J.Phys.Chem.C2016,120,18570 • J.Chem.Phys.2016,145,161103 • J.Phys.Chem.Lett.,2016,7,154 • Phys.Chem.Chem.Phys.2016,18,26827 • J.Am.Chem.Soc.2016,138,11368 • App.SoftComputing2016,49,423 • …… 支持ABCluster 如果ABCluster对您的工作起了帮助,那么支持我们的最好 方法是引用ABCluster的原

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