第二章基因概念1.ppt

基因芯片(Gene chip)技术 是指通过微阵列(Microarray)技术将高密度DNA片段阵列通过高速机器人或原位合成方式以一定的顺序或排列方式使其附着在如玻璃片等固相表面，以荧光标记的DNA探针，借助碱基互补杂交原理，进行大量的基因表达及监测等方面研究的最新革命性技术。 DNA Chip Technology Solid support (glass, plastic, metal, silicon) Miniaturized array of DNA (genetic material) Work on the biochemical principle of DNA/DNA hybridization Hybridized probes (DNA molecules) are fluorescently labeled DNA芯片为生物芯片的一种： 生物芯片包括： DNA芯片 蛋白质芯片 其它芯片 按制备方式分： 原位合成芯片：采用显微光蚀刻等技术在特定部位原位合成寡核苷酸而制备的芯片。探针较短 DNA微集阵列：将预先制备的DNA片段以显微打印的方式有序地固化于支持物表面而制成的芯片。探针的来源较灵活 Comparison of DNA Chip Technologies Sensitivity of DNA chip based assays is a function of: Probe and target DNA/RNA (Complexity) Chip surface (autofluorescence non-spec. bkg) Attachment chemistry/methodology (hyb. efficiency crosshyb.) Hybridization efficiency (lots of factors) Detection technology (signal type, efficiency, noise) 基因表达谱（gene expression pattern) 基因表达谱芯片的应用最为广泛，技术上也最成熟。 这种芯片可以检测整个基因组范围的众多基因在mRNA表达水平的变化。 它能对来源于不同个体、不同组织、不同细胞周期、不同发育阶段、不同分化阶段、不同生理病理、不同刺激条件下的组织细胞内基因表达情况进行对比分析。 从而对基因群在个体特异性、组织特异性、发育特异性、分化特异性、疾病特异性、刺激特异性的变化特征和规律进行描述 基因组选择 利用覆盖全基因组的高密度标记（SNP）进行个体遗传评估 可以捕获所有的遗传变异 无需表型信息即可进行遗传评估 利用SNP芯片技术进行标记测定 基因组选择在奶牛中的应用 基因 （黑箱） 标记信息 遗传评估 开始应用基因组选择的年份 国家 应用范围 2009 Canada, Germany, USA, New Zealand, Israel, France, Ireland, Spain（8个国家） For the selection of: young unproven bulls, active proven bulls, Bull dams 2010 Austria, Australia, Poland（3个国家） 未来/尚未决定 UK, Netherlands, Norway, Denmark, Italian, Japan, Belgium, Czech Republic, Estonia, Finland, Hungary, Latvia, Slovak Republic, Slovenia, South Africa, Sweden, Switzerland, China （17个国家） 在控制反应条件相同的前提下, 两种DNA分子的C0t(1/2)值, 取决于dNt 的排列复杂性. ( 复性动力学的复杂性, Kinetic complexity, X ) AAAAAAAA X = 1 C0t(1/2) = 2×10-6 ATCGATCGATCG X = 4 C0t(1/2) = 8×10-4 nnnnnnnnnnnnn X = 5 ×105 C0t(1/2) = 1 X=K C0t(1/2) K＝5*105 L.Nt/mol.s . ([+]=0.18, Nt=400bp) 用非重复碱基对数表示核酸分子的复杂性。 如多聚(A)的复杂性为1 重复的(ATGC)n组成的多聚体的复杂性为4 分子长度是10