丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2的生物信息学分析.pdfVIP

植物生理学通讯 第43卷 第6期，2007年12月 丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2的生物信息学分析 曹晓燕 一，刘丛玲 ，王掂之l ， ‘药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室，西安710062； 陕西师范大学生命科学学院，西安710062 提要：对丹参cDNA文库的表达序列标签(EST)序列进行BLAST分析显示，其中一条序列与病程相关蛋白基因STH．2有 较高的同源性。该序列全长691 bp，包含1个长483 bp的开放阅读框(ORF)，编码160个氦基酸，命名为 m 7w．2。生 物信息学分析显示： 丁H．2所编码蛋白的分子质量为17 990 Da，等电点为5．15，富合谷氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丝氨 酸，无信号肽，属于稳定类蛋白。与NCBI注册的其他6种植物采源的病程相关蛋白基因编码的氨基酸序列的同源性在 42％．-46％之间。实时荧光定量PCR的方法检测丹参不同组织部位中SmSTH-2表达和病原菌对该基因诱导表达的影响的 结果表明：SmSTH-2在植物的根、茎、叶中均有不同程度的表达，其表达丰度为根叶茎：丹参叶片接种黄瓜细菌性角 斑病病原菌后，4 d内可诱导该基因的表达量持续增加。用PCR方法从基因组水平克隆到SmSTH-2的DNA序列，测序表 明SmSTH．2的编码序列在DNA水