边相似性聚类分析及其在生物网络功能模块识别中的应用.pdfVIP

第29 卷第10 期 针算命r.~难用化，零 Vo1.29 ,No. 1O 2012 年 10 月 28 日 Computers and Applied Chemistry October 28 , 2012 边相似性聚类分析及其在生物网络功能模块识别中的应用 丁德武. (池州学院数学与计算机科学系，安徽，池州， 247000) 摘要:生物网络的功能模块识别有助于理解网络的结构和功能关系，有助于发现网络中的隐藏规律以及预测网络的行为 等，是当前生物网络研究方面的一个重要研究主题。然而，当前的功能模块识别方法大多依赖于对网络中的节点进行聚 类分析，其主要缺陷在于g 每个节点只能属于某一个模块，而生物网络中的节点很难划分到某个独立的模块中。本文介 绍了新近发展的基于边相似性的聚类方法，通过 2 个具体的生物网络功能模块识别实例，考察了这种新兴的方法在生物 网络研究中的应用，结果表明了该方法的高效性。 关键词g 生物网络:代谢网络:边相似性:系统生物学 中图分类号: TP339; Q5 文献标识码:A 文章编号: 1001-4 160(2012)10-1228-1230 1 引言 网络中的节点属于多个模块，弥补了节点聚类方法的不 足[12-14] 。因而，本文通过对 2 个生物网络实例的边相似 近年来兴起的各种生物网络(如:基因调控网络， 性聚类分析，考察了这种新兴的方法在生物网络研究中 蛋白交互网络，新陈代谢网络，等等)研究表明:生物 的应用。 网络是模块化组织起来的[1) 。功能模块识别有助于理解生 物网络的结构和功能关系，有助于发现生物网络中的隐 2 原理概述 藏规律与预测生物网络的行为，是当前生物网络研究领 Evans 和 Lambiotte 首先提出了对网络中的边进行划 域的一个重要研究主题[2-3) 。此外，一般认为生物网络中 分，以挖掘网络中节点的交叠的功能模块结构(即节点可 的不同模块用于执行不同的细胞功能，因而识别、提取 12 以属于多个模块i ] 。随后， Ahn等人进一步发展了这种 这些功能模块也具有重要的实际应用价值[付。 基于边相似性的聚类分析方法[1 川4] 。该方法的基本思路 G让van 和 Newman 首先定义了一个基于节点聚类的 如下: 网络功能模块识别原则，即各个模块内部节点之间连接 (1) 计算边的相似性 稠密而模块之间节点的连接相对较稀疏，具有一定的结 在他们提出对复杂网络中的边进行聚类分析的开创 构独立性。进而，他们发现生化网络具有与社会网络等 性论文中，作者采用 Jaωard 系数为 2 个共享节点 k 的边 其他复杂网络类似的功能模块结构，这为有效识别并提 句和阳分