非线性规划在生物代谢仿真过程中的应用.pdfVIP

2014年川 月 控制工程 Nov. 2 0 1 4 第21 卷第6期 Control Engin eering of Ch ina Vol. 2 1 ,No. 6 文章编号:1671 二7848 ( 2014 )06{)896-04 非线性规划在生物代谢仿真过程中的应用 潘多涛，史洪岩，黄明忠， 袁德成 (沈阳化工大学辽宁省化工过程控制技术重点实验室.沈阳 110142) 摘 要:随着系统生物学研究的不断深入，生物过程网络的规，模逐步拓展，其模型的复杂程 度也越来越高，4ti直积分等常规方法很难求解生物代谢网络这类大规A莫复杂动态系统，客观上需要 新的分析方法去应对。 针对典型的酿酒醉母事鲜解途径的动态模型，首先利用 Matlab 进行常规的数 值和、分求解，以此作为善人峻，提出将糖衅的动态棋盘!离散化后利用非线性规划解是 IPO町、进行 动态仿真的思格，采用不同的离散步长，计算得到不同的仿真结果。 计算结果显示，通过调整计算 参数， lPOFI‘可得到与参照一致的仿真结果，这~明非线性规划可作为分析优化生物过程这类大规 模复杂动态系统的新方法，为下一步进行模型参数估计、 多目标动态优化等打下基础。 关 键词:系统生物学;代谢途径;糖醉解;计算机仿真;非线性规划 中图分类号:T町1 1. 52 文献标志码:A Applicati on of Nonlinear Programming for Simulation of Biological Metabolic Process PAN Dω-ω0 ， SHl Hong - yαn， H UANG Ming - zhong , YUAN De - cheng (Chemical Conlrol Technology Key Laboralory or Liaoning Province , Shenyang Unive n!ily or Chemical T时， hnology. Shenyang 110142 , China. ) Abstract : With the development of res锦州on systems biology ，由e biologica1 proce岱 nelwork 叫egr时ωlly ex阳ded and the model in- creasingly bec缸ne more complex. lt was difficult 10ωlve the biologica1 metabolic networK of Iarge -民a1e dynamic oompI臼syslems by ∞nven­ lional me由他. Objectively , it 明uir创a new ana1ysis method 10 deal 切th. AiIDl对 at the dynamic model of g1yoolysis 庐山附y of saα阳刚吁 倒cerevis町， the n时d 晒solved by 阳η.AB via ∞nventiona1 numerica1 inlegration me也叫，时由e resulls were takωfor 刷刷1 s吨ject. Mler discrelization the d归amic model of g1ycoJysis was solved by 1POPr呻ich w勘 a f81TlO\且 non1inear p呻黯nming 皿，Iver. 霄le simulation 阳u1ls were ∞m阳red by u