基于局部茎搜索的rna 二级结构预测算法 - 生物化学与生物物理进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2009, 36(1): 115~ 121 于局部茎搜索的RNA 二级结构预测算法* 陈翔1,2,4) 卜东波1,2) 张 法1,2) 高 文3)** 1) 2) ( 中国科学院智能信息处理重点实验室，北京 100190； 中国科学院计算技术研究所，北京 100 190； 3) 4) 北京大学信息科学技术学院，北京 100080； 中国科学院研究生院，北京 100049) 摘要 RNA 的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30 多年历史的经典问题，基于最小自由能模型(MFE) 的优化算法是 使用最为广泛的方法 但RNA 结构中假结的存在使MFE 问题理论上成为一个NP-hard 问题，即使采用动态规划等优化算法 也会面临