BrainNet Viewer使用概要1.docVIP

BrainNet Viewer工作流程： 可分成四部分：读入文件、设置绘图格式、网络显示和结果导出。 BrainNet Viewer定义4中可读入的文件： 1)脑曲面文件（Brain surface files）：ASCII文件，后缀名为“nv”，包含了脑曲面的上的顶点和三角面片信息。 2)节点文件（node files）：ASCII文件，后缀名为“node”，为n6的矩阵，包含了节点的坐标、颜色、大小和标签信息 3)边文件（edge files）：ASCII文件，后缀名为“edge”，为nn的矩阵，即节点间的相关矩阵 4)三维图像文件（volume files）：NIFTI或Analyze格式，后缀名为配对的“hdr”和“img”该文件仅用于体素到曲面的映射绘制. 主要功能： （1）脑网络的多视角显示 显示多种由脑曲面，节点和边构成的不同组合 多种方式调节节点的颜色和大小 多种方式调整边的颜色和大小 自定阀值来提取相关矩阵中的边信息 实现体素图像到曲面的映射 支持输出常用的包括TIFF、BMP、JPEG、PNS和EPS五种格式图片 支持输出图片尺寸和分辨率的调整 可进行放大和缩小，旋转等交互式操作 功能和使用： (1)Installation 打开matlab，把BrainNet Viewer添加当前路径（注意全是英文路径，否则出现读取错误），在matlab 工作区内输入BrainNet即打开如下图片： Fig 1.BrainNet Viewer界面 （2）picture：产生的组合图片。（提供参考） Fig.2 各种组合 （3）Load Files 点击File-Load File出现以下图片： Fig.3 加载界面 1.点击Browse（Surface file）选择.\Data\SurfTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv (BrainNet Viewer提供2中不同类型的大脑模板CH2\ICBM152,根据自己所需，选择不同模板) 点击Browse（node）选择.\Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node(可以选择不同节点模板，一共提供ALL90、Brodmann82、Custom、Dos160、Fair34、HOA112、LPBA40，在这其中进行选择) 点击Browse（edge）选择.\Data\ExampleFile\AAL90\Edge_AAL90_Binary.edge 点击Browse（volume）选择双样本t检验结果。点击OK： Visualize option 1Layoutpanel（如下图） Fig4.BrainNet选择 Fig5.不同选择产生不同结果 Global panel Fig6全脑控制面板和各种全脑样本 Surface panel Fig 7表面面板和双脑模型 Node panel Fig8 节点控制面板 Edge panel Fig.9边控制面板和边、节点表面的组合 Volume panel Fig.10 三维控制面板和三维脑表面现象表示 Image panel Fig.11 图像控制面板 操作实例： （1）Brain Surface Fig.12大脑表面 直接在Browse（Surface）中输入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv,其他默认设置，点OK。 Nodes 在Browse（node）中输入.\Date\ExampleFiles\AAL90\Node_ALL90.node 在Node选项中Label选Above Threshold设置大小为1.94,；在color中选取Colormap，点OK。图像如下： Fig.13节点 SurfaceNodes Browse（Surface）加入.\Date\SurTemplate\Bra