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Chem3D 認識與使用 Ta-Wei Li NCTU 認識Chem3D Chem3D：模擬分子結構與分析其能量、電子軌域特性及溫度效應 分子力學 量子力學 統計力學 分子力學篇 把分子看成是一堆彈簧、轉軸及具有互相遠距作用力（包括吸引力及排斥力）的機械裝置，任何分子將會發生的碰撞、移動及轉動皆可被牛頓力學方程式預測。 使用MM2力場常數與牛頓力學分析分子結構與能量的關係，通常適合於有機分子與生物化學分子。 執行Chem3D 於桌面上選按 「開始」「程式集」「ChemOffice 6.0」「Chem3D Pro 6.0」 建立新分子C－C－C－C 選按 ，將滑鼠移至任何位置按?拖曳成一直線後，放開滑鼠即成C2H6。 將滑鼠移至C(1)，按?拖曳成一直線後，放開滑鼠即成C3H8。 將滑鼠移至C(2)，按?拖曳成一直線後，放開滑鼠即成C4H10。 測量分子幾何形狀：元素及鍵長 將滑鼠移至任何原子後不動，即可見此原子的基本資料，如元素，編號 將滑鼠移至任何化學鍵後不動，即可見此化學鍵的基本資料，如鍵長，Bond Order 測量分子幾何形狀：鍵角及旋轉角 選按 按著Shift鍵不動，將滑鼠移至任何連續 3 個原子並點選之後不動，即可見此鍵角的大小。 按著Shift鍵不動，將滑鼠移至任何連續 4 個原子並點選之後不動，即可見此旋轉角的大小。 移動分子的位置 選按「Edit」「Select All」 將滑鼠移至任何一原子，然後按著滑鼠左鍵不放，即可移動分子的位置 旋轉分子的方位 選按 將滑鼠移至分子內按著不放，即有圓圈在分子周圍形成，任意拖曳滑鼠即可隨意旋轉分子 若先按著Alt鍵不放，在圓圈內，任意拖曳滑鼠即可讓分子以Z軸為圓心隨意旋轉 以Y 軸為圓心隨意旋轉 以X 軸為圓心隨意旋轉 放大或縮小分子 選按「F7」即為放大分子 選按「F8」即為放大分子 改變分子幾何形狀 – 即改變旋轉角 按著Shift鍵不動，將滑鼠移至任何連續 2 個原子 將滑鼠在分子模型的左邊捲軸上下拖曳，即可改變分子幾何形狀 ：即改變此旋轉角的大小 尋找不同的穩定分子型態 每一個能量谷底都是一個穩定的分子型態 Butane不同的穩定分子型態 能量最佳化（Minimization） 選按「MM2」「Minimize Energy」 選按「Display Every Iteration」 於Minimum RMS Gradients 內輸入「0.01」 選按「Properties」及「Steric Energy Summary」 選按「Run」 想要檢視計算結果必須按一下?，如此計算結果才會出現另一視窗 What does every energy term mean? 以不同的數學方程式描述分子的作用力 Where are energy terms listed in output? Strain Energy (Steric Energy) Energy shown in message file does NOT imply Heat of Formation, because this total energy does not involve the energy of bond formation. In fact, it should be called STRAIN ENERGY which means the energy deviated from the relaxed structure. 尋找另一個能量低點的分子形態 按著Shift鍵不動，選擇中間連續 2 個C原子 將滑鼠在分子模型的左邊捲軸上下拖曳，將CCCC旋轉角改變為90° 再執行一次 “能量最佳化” 不同分子的形態其能量比較 Anti形態 Gauche形態 Energy Profile of n-Butane Local Minima 測量旋轉角 選按 按著Shift鍵不動，將滑鼠移至任何連續 4 個碳原子並點選之後不動。 選按「Analyze」「Show Dihedral Angles」 改變旋轉角 Butane 內部旋轉角的能量曲線圖 改變旋轉角?計算單點（定點）能量 將C-C-C-C的旋轉角改為150° 選按「MM2」「Compute Properties…」「Steric Energy Summary」「Run」 將旋轉角度大小與Total的能量值拷貝至Excel。 依次將C-C-C-C的旋轉角改為180°， 150°， 120°，90°，60°， 30°， 0°。 也將旋轉角度大小與Total的能量值拷貝至Excel。 繪製Butane 內部旋轉角的能量曲線圖 將視窗移至Excel中 選按「插入」「圖表」「XY散佈圖」「帶有平滑線的XY散