如何建构一个平行计算丛集.DOCVIP

如何組裝一部平行電腦 陳昭安* 吳明佳? 胡進錕? 中央研究院物理研究所 *e-mail: chenja@.tw ?e-mail: mcwu@.tw ?e-mail: huck@.tw 摘 要 本文簡單介紹為計算物理建構無磁碟平行計算叢集的程序。首先，我們將簡短地瀏覽Linux作業系統。依據這些知識，我們希望讀者對於整個架設的過程有一較佳之了解。 一、簡介 對於複雜系統的研究，計算模擬是一個強有力的工具。由於其強大的計算能力與逼真的動畫性能，傳統嘗試與錯誤（trial-and-error）的研究過程可以經由互動式的介面，藉由改變參數來加速，並且可以藉由電腦繪圖或動畫來了解模擬的結果。模擬也可以提供一個研究機會，對某些不容易觀察，或因為太昂貴而不能真實實現的過程做研究。 為了直接與有效率地解決複雜的問題，許多方面都是涉及計算物理的。其中之一是如何加速模擬的過程。一種加速的方法是使用或購買昂貴的平行超級電腦。不過，對於大多數研究群來說，這是很不實際的。而拜當今個人電腦（PC）的先進科技所賜，我們在硬體與軟體上，可以完全從大眾的角色，以負擔得起的預算，建構平行計算叢集。 最初的個人電腦叢集計畫，亦稱為比歐胡（Beowulf）專案，早於1994年初，便已經在國際航空和太空總署（NASA）太空資料與資訊科學卓越中心開始進行了。它通常是一個由一個主機或伺服器節點所組成的系統，而一個或更多個客戶端節點則經由乙太網路連接在一起。主節點控制整個叢集，並提供檔案給客戶端節點。主節點也是叢集對外界網際網路世界的控制台與閘道器。 類比歐胡叢集（Beowulf-like Cluster）的優點有： ˙硬體可以從多種來源獲得，這意味著低的價格與簡單的維護。 ˙作業系統（LINUX）與平行程式套件（MPI、PVM等等）兩種軟體皆可從網際網路中免費獲得。 ˙這些軟體通常是依據電腦工業的標準。 ˙在GNU之一般公眾執照下，原始碼對於每一個人都是免費的，這表示原始碼可以依據個人的需要作修改或改良。 ˙可以從網際網路上找到大量建構比歐胡叢集的免費文件與指導。 ˙考量性能價格比，它真的是便宜的。 去年（2001年），我們在中央研究院物理所統計與計算物理實驗室（Laboratory of Statisitical and Computational Physics）建構了類比歐胡的平行計算叢集來測試這個構想 [4]。這個叢集包含一個主節點、一個網路檔案系統（NFS）與上層網路檔案系統（NFS-root）伺服器節點，以及許多無硬碟的客戶端節點。所有這些節點都藉由乙太網路連接到伺服器集線器，以獲得平行計算的能力。此一叢集之硬體配備與軟體組態詳列如下： 硬體配備 ˙一個主機節點： 雙Pentium III 1GHz 處理器，512MB記憶體，三個3Com 3c905c乙太網路卡，一個30G硬碟，一個軟碟，一個VGA卡，一個螢幕 ˙一個網路檔案系統（NFS）與上層網路檔案系統（NFS-root）伺服器節點： 雙Pentium III 1GHz處理器，512MB記憶體，兩個3Com 3c905c乙太網路卡，一個30G硬碟，一個軟碟，一個VGA卡，一個螢幕 ˙11個客戶端節點： 一個Pentium III 1GHz處理器，512MB記憶體，兩個3Com 3c905c乙太網路卡，無硬碟，一個軟碟，一個VGA卡（除錯用） ˙兩個集線器 D-Link DES-1016R，D-Link DFE-916DX 軟體組態 ˙作業系統：RedHat 6.2 ˙網路開機：etherboot 4.0 ˙平行計算：Message Passing Interface mpich-1.2.1 ˙顯示器：X windows library, OpenGL library, Tc1/Tk 在本文中，我們將與讀者分享我們如何建構這個叢集的經驗。不過，實在很難提供讀者每一步精確的過程。原因很簡單，Linux OS發展得很快，今天的安裝可能明天就沒用了。所以，我們將提供一般性的導引、基本的原理，以及如何從網際網路上，尋找額外的資訊，而不是提供詳細的敘述。為了成功地建構你們自己的叢集，一些關於Linux OS的知識是必要的。只有用這些知識，當發生錯誤時，才有足夠的信心解決它。總之，本文的大部分讀者是物理學家，而物理學家是不想盲目地做事的。 二、Linux 作業系統 建構無硬碟客戶端個人電腦叢集的主要挑戰，是如何啟動核心，以及如何從遠端伺服器安裝到上層檔案系統。既然客戶端節點沒有硬碟來對其核心與檔案系統提供主機服務，所以他們必須經由網路的連接，由其他的伺服器來提供。 此一伺服器節點需要RedHat Linux OS之完全安裝。 此一伺服器必須準備一個簡化的核心映像供客戶端節點下載。 此一伺服器必須準備最小化的上