第三章 10.SRS.pdfVIP

A Gentle Introduction to SRS 1.1 引言 SRS，or Sequence Retrieval System, 由EBI 的Thure Etzold 博士创建。是一个序列及相关信息查询 系统。 本文用几个例子，向新用户简单介绍SRS 的基本功能和操作。你如需要更多的了解某项内容，可 查阅在线帮助 SRS Online Help. 1.2 启用一个SRS 项目 在SRS 网站首页，你可以启用一个SRS （永久）项目，作快捷查询(Quick Text Search)，或查阅在 线帮助。 1.3 SRS Queries 查询 1.3.1 Quick Search 快捷查询 快捷查询可以让初学者在对SRS 还不是很熟悉的情况下作很多查询。用户作快捷查询时，无须选 定特定的数据库，也不用熟悉SRS 的查询表格。快捷查询可在SRS 首页，或在SRS 快捷查询页 进行。 在SRS 首页或点击进入SRS 快捷查询页，选用Protein Sequences （蛋白序列）。这里是告诉SRS 只查询含蛋白序列的Swiss-Prot 数据库。填入查询项（Matching ）：dehydrogenase （脱氢酶）。 点击查询（Search）键。系统开始作查询，完成后显示Query Result （查询结果）页，显示查询结 果。点击某项结果的超连接可查看完整记录。 你可以从新将结果排序来找倒你真正感兴趣的序列。 1.3.2 用标准查询表（Standard Query Form ）查询 这个例子是用标准查询表来查在Swiss-Prot 数据库的描述栏中有kinase 一词的序列。 点击进入Select Databanks （选数据库）页。先点击+Sequence Data Banks 展开选单。选上 SWISS-PROT 一项。 然后点击标准查询表（Standard Query Form）键，进入标准查询表。 在第一个查询栏选上Description ，在旁边的文字框内填入kinase 。 你可以点击任何栏目旁的（i ）图标来了解该栏目的含义。然后退回标准查询表（Standard Query Form ）。 点击查询(Search)键，开始查询。完毕后进入查询结果(Query Result)页显示查询结果。 1.4. Sorting Results 结果排序 初始结果以各条目在原数据库中先后为序。每页只显示设定的条目。为了更容易找到你所感兴趣 的条目，可以对结果作排序。 在左边的显示选项栏，设定(Sort results by)为物种名(Organism Name)，以及下降（descending ）顺 序。 点击Apply Display Option 键。 1.5. Links 关联 SRS 的关联功能可以让你找到现有结果与SRS 系统里其他数据库有关联的结果。 在现有结果里选上你感兴趣的条目。默认是全选。然后点击Link 关联键将你带入下一页。 选上一个关联数据库，如EMBL 。点击Search 开始查询。得到的结果是相关的EMBL 条目。 1.6. 显示 SRS 允许你改变结果显示模式。 1.6.1 新建一个显示模式。 这个例子演示你可以创建一个表格式显示模式来显示SwissProt 结果，并列出EMBL 连接。 1．点击Custom Views 到ViewManager 页。这里你可以命名新显示模式，以及选定适用的数据库。 2 ．先给我们的新显示模式命名，必须是单字，比如说myTestView ，并选上列表方式(table) 。 3 ．选上全部或常用项。 4 ．选定适用的数据库对象，如SwissProt。 5 ．选上关联数据库，如PDB 和Pathway 。 6 ．点击CreateNewView 键，进入第二页。 7 ．在这一页，我们可选要显示的项目。如Description 等。 8．然后点击Save 存好。这样你又会被带回到ViewManager 第一页。需要的话，你可以创建更多 的显示模式。 刚刚存好的显示模式将会在ResultsDisplayOptions 中出现。 1.6.2. 选用显示模式 点击Results 进入结果管理页。此处记录了最近的查询结果。 选上其一，如Q1 。再选上显示模式，如刚才建立的myTestView 。 点击RerunQuery 就得到如下结果。 1.6.2 删除显示模式 你也可以回到ViewManager 页，删除不想要的显示模式。 1.7 分析工具 SRS 已经整合了许多常用的序列分析软