第五章 LSF简易使用手册.docxVIP

LSF简易使用手册?(2011-02-22 14:28:19)LSF（Load Sharing Facility）是由platform公司开发的分布资源管理工具。它用来调度、监视、分析联网计算机的负载，可以对Cluster机群的资源统一调度和监控。一 LSF使用方法1、设置环境变量：用户使用LSF前，应设置相应的环境变量：csh用户，登录系统后执行source /export/lsf/conf/cshrc.lsfbash用户，登录系统后执行. /export/lsf/conf/profile.lsf用户也可写入.cshrc或.bashrc，则登录后就能设置相应的环境变量。2、提交作业LSF 使用bsub命令来提交作业。bsub命令常见用法如下：bsub –n z –q QUEUENAME –iinputfile –o outputfile COMMAND其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列，创建时间：2006-12-12 15:54:00 1如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列（作业队列详细介绍请看下一节）。inputfile代表程序需要读入的文件名（例如namelist等），outputfile代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。（1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名例如，对一个运行时间12小时内完成的串行作业mytest，提交方式为：bsub –n 1 –q QS_Norm –o mytest.out ./mytest（2）对于并行作业COMMAND为“–a mpich_gmmpirun.lsf程序名”因为并行作业必须用到MyriNET库，所以提交的时候必须使用–a mpich_gmmpirun.lsf例如对于一个12个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为：bsub –n 16 –q QN_Norm –o mytest.out –a mpich_gmmpirun.lsf ./mytest目前，系统规定每个用户最多只能使用16个cpu。3、使用脚本提交作业bsub命令可以使用输入脚本多次提交具有相同参数的作业，格式为：创建时间：2006-12-12 15:54:00 2#BSUB –n Z #BSUB –q QUEUENAME #BSUB –o OUTPUTFILE COMMAND该脚本的参数与命令行“ bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。提交时为bsub 脚本名例如要提交一个12小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本bsub.scriptfile#BSUB –n 16#BSUB –q QN_Norm#BSUB –o mytest.out–a mpich_gmmpirun.lsf ./mytest作业提交方法为：bsubbsub.scriptfile二、LSF队列状况LSF分了如下几个作业组：1、长时间并行作业组（LSF管理）（1）QL_Norm队列创建时间：2006-12-12 15:54:00 3该队列用于运行长时间并行作业，作业不限执行时间。作业规模限制为：最多使用16个CPU。2、串行作业组（LSF管理）（1）QS_Norm队列该队列用于串行短时间作业，最长作业执行时间为 12小时。（2）QS_Long该队列专用于长时间串行作业，作业不限执行时间。3、短时间并行作业组（LSF管理）（1）QN_Norm队列该队列用于运行短时间并行作业，最长作业执行时间为12小时。（2）QN_Debug队列该队列用于调试或试算，最长作业执行时间为5分钟。请用户根据自己的需求，选择适当的作业组进行作业提交。附：队列命名潜规则新的队列命名遵循一定的潜规则，下面详细解释队列名中各字母的含义：QL_Norm：Q代表queues；L代表long，表示该队列运行长时间并行作业；QN_Norm：Q代表queues；N代表normal，表示该队列运行短时间并行作业；QS_Norm：Q代表queues；S代表serial，表示该队列运行短时间串行作业；QS_Long：Q代表queues；S代表serial，表示该队列运行串行作业；Long表示长时间运行；（同中科院网络中心深腾6800）三查看作业状态和删除作业等几个常用的指令：bjobs检查提交作业状态bjobsbjobs -wbjobs –r 显示正在运行的作业bjobs –a 显示正在运行的和最近完成的作业bjobs -p 显示等待运行的作业和等待原因bjobs –s 显示正在挂起的作业和挂起的原因bjobs -l 显示该作业的所有信息bhist显示最近完成作业或正在运行