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Fastq_clean使用说明
Fei lab
Boyce Thompson Institute for Plant Research,
Cornell University,
Tower Road, Ithaca, NY 14853,
United States of America,
Jan 29, 2014
1. 简介3
2. 下载与安装4
2.1 运行环境4
2.2 与硬件相关的参数4
2.3 从一个实例出发4
3. 处理Illumina数据6
3.1 基本原理6
3.2 整体流程7
3.3 参数详解9
3.1.1 必须参数9
3.1.2 可选参数10
3.1.3 R脚本相关参数11
3.1.4 BWA相关参数 11
3.1.5 根据测序长度调整参数12
4. 质量控制信息详解14
4.1 获取质量控制信息14
4.2 使用质量控制信息16
5. 案例分析16
6.1 rRNA污染过多 16
6.1.1 软件版本和数据16
6.1.2 问题解决流程17
6.1.3 看看无法配对的读段19
6.1.4 总结19
6.2 拼接的转录组是否还有污染 19
6.3 读段比对到参考基因组比例低 20
6.3.1 软件版本和数据20
6.3.2 问题分析21
6.3.3 问题解决22
6.3.4 总结23
6. 常见运行错误24
7. 参考文献25
用户须知：
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/s/1sjllrcD （中国用户）。
版权归文章作者所有。用户可下载并在学术研究中使用本流程，但必须引用我们
已发表的文章。
Zhang M, Sun H, Fei Z, Zhan F, Gong X, Gao S: Fastq_clean: An optimized pipeline to clean the
Illumina sequencing data with quality control. In: Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2014
IEEE International Conference on: 2014. IEEE: 44-48.
不允许任何商业性应用或二次开发。如有任何问题或程序出现错误，请联系：
C.J.Chen （陈程杰）
Email :chengjiechen@
1. 简介
Fastq_clean 是一个依据Illumina 平台测序数据（DNA-seq 和RNA-seq ）特点
优化而成的处理流程。其功能是清理原始测序数据（raw data）中的低质量碱基、
测序接头、rRNA 和病毒等污染。Fastq_clean 从v2.0 开始也可用于处理其他测序
平台的数据（如ion torrent ）。
由于在实际应用中，仅有Illumina 平台提供双端测序数据，Fastq_clean 只提
供对Illumina 平台的双端数据处理
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