用x 射线晶体学＆核磁共振解析结构.pdfVIP

7.91 Amy Keating 用X 射线晶体学＆核磁共振解析结构 怎样确定X －射线晶体结构 1. 晶体生长－ 用 X －射线晶体学来确定结构依赖于晶格点的重 结构 2. 收集衍射样本－晶体中原子周期性的空隙在 X －射线透过时产生衍 射现象而出现 “斑点” 4. 经过傅立叶变换得到一个倒易空间以描述其电子密度的 4. 这一步需要解析相位波状态的知识，该波不能直接的由状态问题测得。 4. 建立蛋白质的初步模型来描述由实验数据得到的电子密度的信封模型 5. 通过迭代改变模型以修正结构并比较其于实验数据的符合程度 相位问题：我们不知道使用什么相位对波函数有贡献。大问题 原子散射因子－与原子j 相位由原子j 的 可见调幅 周围的电子密度相关 坐标 X,Y,Z 决定 2 我们观察的是 Ihkl α |Fkhl| 我们不能直接测量相位 Fhkl 为结构因子 从分子替换或重原子方法获得相位 X －射线晶体结构精讲 模型： 斑点的 数据：斑点的 计算强度 实际强度 所有斑点 实验观察的 从试验计算 的总和 斑点实际强度 的斑点强度 U = U + sU 杂化 分子模型 X －射线 实验 •模拟退火算法用在杂化势能上能快速的改进结构和 X －射线观察结果，该结构是 在 保持合理的化学性质的基础上得到的。（大半径收敛） •以前有效的方法是局部极小，而局部极小容易停留在局部极小区域（小半径收敛 ） 自由R 因子 90 ％的X －射线 10 ％的X －射线 当前模型 幅度 幅度 衍生模型幅度 R = Σ||F 观察 | - |F 计算 ||/Σ|F 观察 | R 自由 = Σ||F 观察 | - |F 计算 ||/Σ|F 观察 | 改变模型 评估模型 哪些参数需要优化？ 原子坐标 X,Y ，Z 每一个原子的温度因子， B 占有率也要优化 2 2 B = 8 x u 2 u = 样子替换的均方根 B 原子的振动和无序度 2 单位＝ Å