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* /66 * /66 /wiley/chapter5/Webdocument_5-16_findagene_globin.htm * /66 具体比对 * /66 201310具体比对 网站具体比对数据 Pattern examples PA [AC]-x-V-x(4)-{ED}. This pattern is translated as: [Ala or Cys]-any-Val-any-any-any-any-{any but Glu or Asp} PA A-x-[ST](2)-x(0,1)-V. This pattern, which must be in the N-terminal of the sequence (), is translated as: Ala-any-[Ser or Thr]-[Ser or Thr]-(any or none)-Val * /66 多序列比对构建Pattern * /66 用人rbp4序列（NP_006735）在细菌数据库搜索，与获得的结果进行多序列比对，在多序列比对基础上参考残基理化性质构建pattern。 用NP_006735在细菌（ bacteria ）蛋白中搜索结果。 * /66 PHI-BLAST GXW[YF][EA][IVLM] bacteria * /66 * /66 * /66 再运行PSI-BLAST，就能成功地找到一大家族的细菌lipocalin蛋白质。 * /66 201310结果 用NP_006735在细菌（ bacteria ）蛋白中搜索结果。 非模式搜索。 * /66 201310结果 GXW[YF][EA][IVLM] 用NP_006735在细菌（ bacteria ）蛋白中搜索结果。 * /66 四、发现新基因 所谓发现新基因是指在数据库中发现的一些还没有被注释的DNA序列。例如会为下面这些理由去寻找新基因。 ①可能会在一个感兴趣的特殊物种中（如植物或者古细菌）想研究一个以前从未发现过的lipocalin。 ②想知道是否细菌也有lipocalin蛋白质。如果这样，就可以深入了解这个转运蛋白质家族的进化 ③正在研究HIV pol蛋白质，尤其是它的逆转录酶区域。你想在真核生物蛋白质中找到这个区域的例子，但不想研究一个已知有这个motif的真核生物蛋白质，而更愿意去研究一个从来没有描述过的新蛋白质。 * /66 常用方法 从一个已知序列的蛋白质开始 搜索一个DNA数据库（例如HTGS，GSS，dbEST，或者一个特定物种的基因组序列） 用你新发现的DNA或者蛋白质搜索一个蛋白质数据库（如，非冗余数据库）来证实你确实发现了一个新的基因或者蛋白质。 寻找下列匹配： （1）与已知蛋白质的DNA序列匹配 （2）与相关蛋白质的DNA序列匹配 （3）非显著性的匹配 步骤1：tblasn比对 步骤2：检查结果 步骤3：进行blastx nr或者balstp nr 比对 * /66 发现新基因 * /66 * /66 NP_290784（大肠杆菌lipocalin蛋白） * /66 giref|NP_290784.1| outer membrane lipoprotein Blc [Escherichia coli O157:H7 EDL933] MRLLPLVAAATAAFLVVACSSPTPPRGVTVVNNFDAKRYLGTWYEIARFDHRFERGLEKVTATYSLRDDG GLNVINKGYNPDRGMWQQSEGKAYFTGAPTRAALKVSFFGPFYGGYNVIALDREYRHALVCGPDRDYLWI LSRTPTISDEVKQEMLAVATREGFDVSKFIWVQQPGS * /66 * /66 挑选候选“基因” * /66 获得候选蛋白质序列 GVHAVKPFYPEKYVGKWYEIARLYTYFEKDLDKITAEYSINKDGSITVVNSGYNYKKKKRENAKGIAYFVNGSDEGMLKVSFFGPFYSGYNVIAIDPDYKYALIAGQSFDYMWILSKEPTIPEKIKNSYLELAKSVGYDITKLIWSKQ Dictyostelium discoideum AX4 * /66 在nr数据库BLAST检验 * /66 把新获得的候选“基因”在nr数据库中搜索，如果能找到完全相同的序列，则表示该段dna已经被注释了，反之，则可能是一个“新基因”。 其中一个结果 Aplysia californica * /66 * /66 SPPPPFCLCCLTYFTLITLPPPSPLPPPLQYLGTWYEYERFDNWFEAGMDCVRAEYGLNPDQTISVLNAG QYLGT