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蛋白质构效关系和新型溶栓药物的设计与研制 分子医学教育部重点实验室 宋后燕 2005-6-15 蛋白质分子构效关系的研究 遗传信息传递的中心法则 基因 转 录 反转录 信息 RNA 蛋白质 (表型) 遗传信息决定蛋白质分子的结构和功能 蛋白质分子结构的研究 一级结构 高级结构 X 射线晶体衍射分析 多维核磁共振 计算机模拟 蛋白质分子结构计算机模拟 1. 蛋白质分子结构的模型化：蛋白质分子结构的计算机化 2. 蛋白质分子结构的几何优化 3. 蛋白质分子结构构象分析 4. 蛋白质分子结构搜索 5. 蛋白质分子结构间相互作用(Molecular Docking) 范德华作用 静电作用 弱非键相互作用 疏水作用 计算机描述分子结构的表达方式 碎片码 线性码 拓朴码 拓扑码 利用图论知识 分子结构 数学图 原子(CHON)： 结点 不同原子用不同颜色表结点 化学键：图中的边 (单键、双键、芳香键等不同键用不同颜色) 蛋白质分子结构模拟 蛋白质分子结构的查询：如搜索 分子力学计算 分子动力学计算 量子化学计算 连接表：分子中所有原子、键及其空间关系 提供信息 原子信息： 类型 电荷 坐标 键信息： 类型 所连原子 糖链金属离子 其他特殊结构信息 蛋白质分子模拟时常用算法 1、分子力学方法