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microRNA数据库miRBase:?/miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。miRBase设在英国曼彻斯特大学生命科学学院, 由英国研究理事会和威康信托基金会桑格研究所资助miRecords:?/动物 miRNA的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS. 美国明尼苏达大学PMRD:?/PMRD/PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。中国北京中国农业大学CoGeMiR:?http://cogemir.tigem.it/CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。意大利Teletho医学遗传研究所MicroRNAdb:?/micrornadb/index.phpMicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。中国北京清华大学生物信息学教育部重点实验室miRWalk:?http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。德国Ruprecht-Karls-Universit?t Heidelberg, Medizinische Fakult?t MannheimTarBase:?http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。希腊瓦尔基扎分子肿瘤学研究所. 还见miRGen.miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.htmlmiRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。韩国汉城梨花女子大学miRGen:/miRGen.htmlmiRGen是一个整合型数据库,包括：(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。美国宾夕法尼亚大学. 还见TarBase.miRNAMap:.tw/miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。台湾新竹国立交通大学生物信息学研究所. 还见ViTa.Vir-Mir:.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgiVir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。台湾台北中央研究院生物医学科学研究所. 还见miRNAMap.ViTa:.tw/ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。台湾新竹国立交通大学生物信息学研究所. 还见miRNAMapASRP Database:/db/ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。美国俄勒冈州立大学miRNApath:http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.phpmiRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。巴西圣保罗大学遗传学系miRex:http://miracle.igib.res.in/mirex/miRex