第二章计算生物学的生物学基础.PDFVIP

第二章 计算生物学的 生物学基础 §2.1 What Is Life ？ ——从Schrödinger的思考到 “双螺旋”的发现 复杂性： 生命最显著的特征 §2.1.1 生命复杂性 生命的客观复杂性 人类认识的有限性 对生命的不同认识 生命的结构层次和多样性 生命的组成因素具有复杂的相互作用，是非线性关系，由 此产生一系列经典科学无法解决的问题 生物大分子、细胞、组织、器官、系统…… 受精卵细胞－分裂、分化、发育、生长、衰老、死亡…… 生命最突出的特征——几乎无限的多样性 《Infinite in All Directions(全方位的无限)》Freeman Dyson ，三联书店 空间：地球的生态圈 时间：从35亿年前至今 大小：病毒、鲸鱼 生存环境：空气、陆地、海洋 生活方式：独立生活与寄生 “世界上没有完全相同的两片树叶”——有性繁殖 基因组存储的遗传信息量：达到天文数字 生命的非线性和有序性 （一） 耗散结构理论（Prigogine ，1970s） 孤立系统：热力学第二定律－－熵增加，系统趋向紊乱 开放系统：系统远离平衡态，熵减少，出现有序结构 仙女座大星云 卷积云的鳞片结构 雪花晶体结构 生命的非线性和有序性（二） 生命的各种表现形式均为开放性耗散系统 生命之所以存在，在于从环境中不断吸收负熵（新陈代谢） 生命有序的原因：适度非线性、远离平衡态 生命复杂系统通过各种途径来克服和减少过强的非线性作用，过弱的非 线性作用也不合适。 适度的非线性 “混沌的边缘”（生态系统、生物个体……） 蝴蝶的花纹 HIV病毒结构 参与光合作用的膜蛋白 晶体结构 生命的非线性和有序性 （三） 生命的本质与人类社会的本质相似： 生理平衡比复制重要； 复杂比简单重要； 细胞的适应力比基因的独裁重要； 整体容忍误差的能力比每部分的精确 重要。 —— 《Infinite in All Directions(全方 位的无限)》 Freeman Dyson 生命的生物性和社会性 生物的个体行为表现形式 是生物性，但更多时候是受 外界影响的，即社会性 有性繁殖生物的性行为 人类、蚂蚁、蜜蜂的组织社会 微生物的共生 低等生物的寄生 趴在蝴蝶翅上的蚂蚁 生物的许多行为同时具有 （蚂蚁社会组织有序 也会偷 两种属性——事物复杂性的 懒也搞裙带） 特征之一 男性与女性的行为、思维差异 生命中的涌现性 涌现(emergency) ：整体大于部分之和 整体必然会出现在部分中没有的属性和特征 元素或子系统的性质≠整体或系统的性质 生物系统的每个层次都有有其本身的复