蛋白质共进化分析研究进展.pdf

第8卷 第 1期 生 物 信 息 学 Vo1．8No．1 2010年 3月 ChinaJournalofBioinformatics Mar．，2010 蛋 白质共进化分析研究进展 吕品一，郑珩 ，劳兴珍 (中国药科大学生物信息学教研室，南京210009) 摘要：一些对蛋白质活性很重要的残基在进化过程中是高度保守的，另有一些残基通过共进化来维持蛋 白质结构和功能上的 稳定。由于共进化残基分析可在未知蛋白质结构时，仅依据序列推断残基间的相互作用，因此在蛋白质结构和功能预测上具 有重要的研究意义。当前分析共进化残基的方法主要有基于相关系数的方法、基于微扰理论的方法、参数检验法等。然而， 由于存在蛋 白质系统进化的背景干扰，目前共进化残基分析的精度仍有待进一步提高。本文概述 了蛋 白质共进化分析的方 法及其研究进展，并对其发展趋势进行了预测。 关键词：共进化残基；共进化分析；生物信息学 中图分类号：0242；Q51 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(2010)一叭 一034—04 AdvanceinProtein CoevolutionAnalysis LU Pin—yi，ZHENG Heng ，LAO Xing—zhen (BioinformationCenter，ChinaPharmaceuticalUniversity，Na ng210009，China) Abstract：Somefunctionallyimportantproteinresiduesarehighlyconserved，whileCO—evolvingresiduesarealsoabletopreservestruc- tureandfunctionofproteins．Becauseproteincoevolutionanalysiscanpredictresidues——residuesinteractionsfrom theirsequences withoutstructural information，itisverysignificantinproteinstructureandfunctionprediction．Nowadays，proteincoevolutionanalysis ismainlybasedoncoefficientcorrelationmethods，perturbationmethodsandparametertest．However，becauseofphylogeneticnoise， hteaccuracyofproteincoevolutionanalysisneedstobeimproved．Herewebrieflyintroducemethodsandadvancesofproteincoevo]u- tionanalysisandpointoutitsresearchdirections． t KeyW ords：Co—evolvingResidues；CoevolutionAnalysis；Bioinfomr atics 1 共进化残基分析的目的及意义 换，引起相关位点间的共进化，蛋白质从结构和功能 上仍维持稳定。也就是某个功能位点的变异可能被 共进化 (coevolution／covariation／correlatedmuta． 另一位点的变异所补偿 ，经过 自然选择被保 留下来。 tion)是指一个生物学实体发生的改变 由与其相关 共进化的概念最早由Fitch和 Markowitz于二十 的另一生物学实体的改变所引起 。共进化残基是指 世纪七十年代提出，他们认为为了维持结构和功能 在蛋 白质序列发生变异(进化)时，变异上存在相互