探针区间图和SS探针区间图的刻划T一.pdfVIP

高校应用数学学报A辑 Appl.Math.J.ChineseUniv.Ser.A 2006，21(2):238-244 探针区间图和STS一探针区间图的刻划 孔 静 ，‘吴耀现1,2 1.上海交通大学数学系，上海200240; 2.大连理工大学 高科技研究院，辽宁大连 116024) 摘 要:该文首先引入了探针区间序来刻划探针区间图;接着给出STS一探针 区间图的探针区间完备的一种构造方法，并借此得到二部图G是相对于给定顶点 划分的STS一探针区间图的一个充要条件;同时也说明了STS一探针区间图其实就 是其他文献中被独立研究的凸二部图.最后基于前面给出的STS一探针区间图的刻 划结果提供了两种简单的O(}V}+!E})时间的STS一探针区间图的判别算法. 关键词:区间图;探针区间图;STS一探针区间图;凸二部图 中图分类号:0157.5 文献标识码:A 文章编号:1000-4424(2006)02-0238-07 1 引 言 绘制物理图谱(physicalmapping)，也称物理作图，在分子生物学和基因工程的研究中 有着重要作用.为了测定规模巨大的DNA结构，人们首先将 目标DNA进行多次复制，然后 通过限制酶对每一个复制得到的DNA进行近似随机的切割，产生很多较小的DNA片段. 接下来再将每一个小的DNA片段作为克隆((clone)通过载体进行复制，从而得到由成千上 万个克隆组成的“克隆文库”.现有的各种技术，如指“纹分析”法((fingerprint)[13，可以帮助判 断两个克隆是否来自目标DNA上相互重叠的位置.物理作图就是利用克隆文库中的克隆 的相互重叠信息，来确定这些克隆在目标DNA上的相对位置.显然，为了能恢复出克隆在 目标DNA上的相对位置，克隆文库需要提供足够多的重叠信息.通过物理作图，人们只要 去精确测定每一个克隆的结构，就可以得到目标DNA的可能结构. 如果一个图G=(V,E)的每个顶点v都对应着一个实数轴上的区间Iv(这里开区间或 闭区间皆可)，使得uvEE(G)当且仅当IunIv#②，那么称I={Iv:vC-V(G))为G的一个 区间表示，并且称G为区间图(intervalgraph)E21.对于给定的区间图，由PQ一树算法[[31或者 改进的PQ一树算法[43可以在线性时间内找到它的所有区间表示。于是，如果有足够大的克隆 收稿日期:2003-09-30 基金项目:国家自然科学基金 孔 静等:探针区间图和STS一探针区间图的刻划 239 文库，且获得了所有的重叠信息，可以借助于区间图模型来绘制出所有可能的物理图谱[Cs7 但是在实际操作中，要得到克隆的全部重叠信息是极为耗时和耗资的，因此理想的途径是能 够只利用部分的重叠信息来进行物理作图.文献[6,7]提出可以通过杂“交”(hybridization) 来得到克隆的重叠信息.所谓杂交法是指选定一部分克隆进行标记，并以这些标记的克隆作 为探针(probe)，再通过基因杂交得到探针与其它克隆之间的重叠信息.既然那些非探针的 克隆间的重叠信息是未知的，区间图模型此时己不再适用，于是人们提出了探针区间图 (probeintervalgraph)〕的概念.进一步，如果适当选取作为探针的克隆，使其在目标DNA 上的位置互不重叠，那么相应的物理作图问题在很大程度上就转化为对STS(sequence taggedsite)一探针区间图的研究[8] 现在来介绍探针区间图与STS一探针区间图的定义.设(P,N)是图G=(V,E)的一个顶 点划分，即P,Ng;V(G),PnN=②,PUN=V(G).如果图G的每个顶点v都对应着一个 区间Iv，使得uvEE(G)当且仅当Iu门IZA②且{u,v)门PmA⑦，那么称I={I.,avC-V(G)}是 G的一个相对于(P,N)的探针区间表示，并且称G是相对于(P,N)的探针区间图，记为G =(P,N,E).如果一个探针区间图G=(P,N,E)以P为独立集，则称之为一个STS一探针 区间图.若I是探针区间图G的一个探