中国水仙凝集素基因nta 的克隆、序列分析及蛋白结构预测cloning .pdf

基因组学与应用生物学，2009 年，第28 卷，第2 期，第216-222 页 Genomics and Applied Biology, 2009, Vol.28, No.2, 216-222 研究报告 Research Report 中国水仙凝集素基因NTA 的克隆、序列分析及蛋白结构预测 1,2 3 2* 1* 刘文凤 侯成林 高健 沈昕 1 北京林业大学生物科学与技术学院, 北京, 100083; 2 国际竹藤网络中心, 国家林业局竹藤科学与技术重点开放实验室, 北京, 100102; 3 首都 师范大学生命科学院, 北京, 100037 * 通讯作者, gaojian@; xinshen77@126.com 摘 要 凝集素是一种糖专一性结合蛋白，它可以识别不同的糖类。植物凝集素是植物防御系统重要的组成 部分。本研究采用RT-PCR 的方法，从中国水仙花蕾中克隆了凝集素基因NTA ，运用生物信息学方法对其核苷 酸序列、编码的氨基酸序列进行分析以及对其蛋白结构进行预测。结果表明，得到的NTA 基因全长698 bp，包 含一个完整的开放阅读框516 bp。该基因编码一个含有172 个氨基酸的凝集素前体蛋白，该前体蛋白的等电 点和分子量分别为5.84 和18 615.19 Da。序列比对结果表明该基因编码的蛋白与其他单子叶植物如杂种水仙、 雪花莲、君子兰、石蒜花和孤挺花的凝集素蛋白的同源性较高，分别为84%、80%、77%、78% 以及82%。蛋白结 构预测表明，中国水仙凝集素蛋白与洋水仙凝集素蛋白在结构上非常相似。对该基因编码的蛋白进行分析及 蛋白结构模拟可知，该蛋白含有三个特殊的功能结构域和alpha-D-甘露糖结合表面(QXDXNXVXY)。 关键词 中国水仙, NTA, 基因克隆, 序列分析, 蛋白结构预测 Cloning and Sequence Analysis of the Lectin Ortholog NTA from Chinese Narcissus (Narcissus tazetta var. Chinensis Roem) and Structure Prediction the Protein Liu Wenfeng 1,2 Hou Chenglin 3 Gao Jian 2* Shen Xin 1* 1 Beijing Forestry University, College of Biological Sciences and Biotechnology, Beijing, 100083; 2 International Centre for Bamboo and Rattan, Key Laboratory of Bamboo and Rattan Science and Technology of the SFA, Beijing, 100102; 3 Capital Normal University, College of Life Science, Beijing, 100037 * Corresponding authors, gaojian@; xinshen77@126.com DOI ：10.3969/gab.028.000216 Abstract Lectins are carbohydrate-binding proteins which are important in immune responses. A full-length cDNA of a lectin gene designated as NTA was cloned from Chinese Narcissus with the method of RT-PCR. With a size of 698 bp including an 516 bp open reading frame, the NTA encode a precursor lectin with 172 amino acids. The pI and M.W. of the protein NTA were predicted to be 5.84 and 18 615.19 Da, respectively. The homologous analysis showed that the sequence similarity between NTA and those from species as Narcissus hybrid cultivar agglu