紧密连锁位点的单体型传递不平衡检验论文.pdfVIP

以科学发展规促进科技奁j新(一) 129 紧密连锁位点的单体型传递不平衡检验① 李彩霞1 黎培兴2 方积乾1 1．广州市中山大学公共卫生学院，510080；2．广州市中山大学数学系，510275 摘要本文针对紧密连锁往点，在估计核心家系的单体型频率的基础上，充分利,gl家系 信息，重构单体型的传递／未传递的交叉分类表格，然后通过检验此表格的对称’胜与边缘齐性 进行传递不平衡检验．并把此方法用于分析IgA肾病的两特密连锁位点的基因定位数据。同 时。自编Excel宏命令VBA程序。用于家系数据单体型频率估计与重构。 关键词连锁连锁不平衡传递不平衡检验核。家系 一、引言 在遗传统计分析中，连锁与连锁不平衡是两个很重要的概念。连锁考察标记位点与疾病位点的重 组率0是否为0．5，连锁不平衡，考察标记位点与疾病位点的等位基因之间是否随机关联。应用非常广 泛的传递不平衡检验(Transmission Test，TDT)是连锁与连锁不平衡的联合检验。它通 Disequilibrium 过考察多态性标记位点的等位基因的不平衡传递，来说明标记位点与疾病位点的连锁与连锁不平衡。 由SpielmanRS(1993)提出的单个位点双等位基因的传递不平衡检验已被广泛应用。而且已经由 RS，1996；ShamPC，1995)。传递不 最初的最简单的双等位基因情形推广到复等位基因情形(Spidman 平衡检验需收集Trios(父、母、一个受累子代)家系数据，每一个家系中受累子代的亲代(父或母)提供了 一个传递的等位基因和一个没有传递的等位基因，因此，当要考察的位点有m个等位基因时，N个 Trios的传递不平衡检验可以整理成表1。 寰1Ⅳ十受累子代的2N个亲代传递和没有传递标记等位基因数目 这里n。表示基因型为0的亲代(其中传递的等位基因是i，未传递的等位基因是J)的个数。 设只为在子代受累的条件下，亲代具有基因型为“，且传递i，未传递J的概率，sham(1995)推导 出，当pi=“或∑p。=∑n，时，当且仅当疾病位点与标记位点不连锁或连锁平衡。因此通过检验表1 J J 数据的对称性或边缘齐性，可以检验疾病位点与标记位点之间是否存在连锁或连锁不平衡。对称性检 验统计量为 ①国家自然科学基金资助项目 130 以科学发展观促进科技创新(上) ， 、2 T：F!!!二坠! 。 蔓}n口+n” 当H。：不连锁或连锁平衡成立时，T，近似服从自由度为m(”z一1)12的x：分布。 由Spielman(1996)提出用于传递不平衡分析的边缘齐性检验统计量为 2分布。 SpieIman同时指出，当H。成立时，T近似服从自由度为m一1的x 二、方法 若有多个紧密连锁的位点，考虑单体型的传递，若每个个体的内在的单体型对可确定，则可直接把 每个单体型看成一个位点的一个等位基因，列出上表1中的数据，直接利用上面的对称性或边缘齐性检 验。但实际上，对于多个位点情形，由于通常的观测数据是各个位点的基因型，从而，个体的单体型对存 在不确定性。因此无法直接列出上面表1的传递／不传递的表格。下面我们在重构核心家系的单体型 的基础上．进一步估计出表格1中的数据。 设一个核心家系，其中至少有一个子代是受累个体，则对家系r(r=1，2，…，N)，定义耳为满足 如下条件的{i，，J，，^，，z，}集合：单体型对(i，，J，)与父亲的观测基因型gF匹配，单体型对(女，，z，)与母亲 的观测基因型g。匹配，单体型对(i—k)与受累小孩的观测基因型g。匹配。即父亲的(i，，j，)中传递 了i，，未传递j，给此受累小孩，母亲的(^，，z，)中传递了女，，未传递z，给此受累小孩。定义