红藻条斑紫菜变藻蓝蛋白晶体结构的分子置换法研究 - 中国科学.pdf

( C 辑) 第30 卷 第3 期 SCIENCE IN CHINA ( Series C ) 2000 年6 月 红藻条斑紫菜变藻蓝蛋白晶体结构的 分子置换法研究* 刘锦玉 江 涛 张季平 常文瑞 梁栋材** ( 中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室, 北京 100101) 摘要 以蓝藻钝顶螺旋藻(Spirulina platensis)变藻蓝蛋白(APC-SP)的晶体结构为搜索 模型, 运用AMoRe 程序, 对红藻条斑紫菜(Porphyra yezoensis)变藻蓝蛋白(APC-PY)的 晶体结构进行了分子置换法研究. APC-PY 晶体( 晶型3)属R32 空间群, 晶胞参数为a = b = 10.53 nm, c = 18.94 nm, a = b = 90, g = 120. 在单位晶胞的每个结晶学不对称单位 中含一个单体. 在获得交叉函数解的基础上, 进行了平移函数搜索, 给出了 Cc 值和 R 因子分别为67%和 36.1%的最佳平移解. 所得分子置换法的结果被用于 APC-PY 初 始结构模型的构建和结构精化, 经一系列 2F -F OMIT 图的综合验证分析, 进一步证 o c 实了所得分子置换法解的正确性. 关键词 变藻蓝蛋白 分子置换法 晶体结构 存在于红藻和蓝绿藻中的超分子捕光蛋白复合物 藻胆体可吸收波长为 500 650 nm 的太阳光, 并将光能传递给类囊体膜内的光合反应中心, 其光能传递效率接近 100 . 藻胆体 由核心和杆两部分组成, 核心部分靠近光合反应中心, 由多个核心圆柱体组成, 每个核心圆柱 体又由多个三聚体的变藻蓝(APC)盘缔合而成; 杆部分由位于杆顶端的藻红(PE) 或藻红蓝 (PEC)盘和位于杆内侧并与核相连接的藻蓝(PC)盘组成. 光能传递的途径为由藻红或藻红蓝经 [1] 藻蓝到变藻蓝, 最后到光合反应中心 . 到目前为止, 已有 8 个藻胆蛋白的三维结构得到了阐明[2 10]. 变藻蓝蛋白为藻胆蛋白的 核心部分, 其单体由, 两种亚基组成, 在每一个单体的-84 和-84 位残基上分别共价连接 有一个藻蓝胆素(PCB). 由于变藻蓝蛋白在藻胆体能量传递过程中的重要位置 靠近反应中 心 , 其结构的研究一直备受关注. 但因分离和结晶的困难, 直到 1995 年, Brejc 等人才首次 报道了取自蓝藻钝顶螺旋藻(Spirulina platensis )变藻蓝蛋白(APC-SP) 的0.23 nm 分辨率的晶体 [10] 结构 , 而取自红藻的变藻蓝蛋白的三维结构到目前还未见报道. 本文报道了取自大型红藻 条斑紫菜(Porphyrya yezoensis)变藻蓝蛋白(APC-PY)的分子置换法的研究结果. 红藻条斑紫菜 变藻蓝蛋白三维结构的阐明将为其光能传递的结构和功能关系的研究提供新信息. 1999-07-08 收稿, 1999-11-17 收修改稿 * 国家自然科学基金重点资助项目(批准号:和中国科学院重大基金资助项目(批准号: KZ85-04-40) ** 联系人(E-mail: dcliang@sun5.ibp.ac.cn) 290