rna 二级结构预测svms 模型研究 - 深圳大学学报.pdf

Vol. 25 No.4 第25 卷第4 期 深圳大学学报理工版 2008 年 10 月 JOURNAL OF SHENZHEN UNIVERSITY SCIENCE AND ENGINEERING Oct. 2008 文章编号: 1000-2618 ( 2008 ) 04- 0403 - 06 【电子光学与信息工程】 RNA 二级结构预测 SVMs 模型研究 何静妓，何中市，陈自郁 (重庆大学计算机学院，重庆 400044) 摘 要:扩展NSSEL 标签，对 RNA 分子中的 stem-loop 结构和伪结结构进行标记.将 RNA 分子序列中 的碱基编码输入，经过支持向量机 (suppo时 vector machines , SVMs) 模型计算输出相应的结构标记.该模 型经过训练后，待预测的 RNA 分子序列可得到对应的结构标识序列，这些标识序列可通过特定算法，唯一 构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明，该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度， 克服了传统算法计算时间过长，无法在有限时间内得到有效结果的缺点. 关键词:支持向量机; NSSEL 标签; RNA 二级结构;伪结; stem-loop 结构 中图分类号: Q71; TP 3 文献标识码:A RNA 二级结构预测是生物信息学领域中的重要 构预测算法模型，用以解决伪结结构和长链分子的 预测问题. 课题， RNA 分子结构可由 X 射线的晶体衍射法测 定，该方法效率低，价格昂贵.随着计算机技术的 不断发展，利用数值计算预测 RNA 分子的二级结 1 RNA 二级结构 构成为必然趋势.在 RNA 二级结构预测发展的 30 RNA 为单链分子，它通过自身回折使得可彼此 多年历史中，涌现出不少优秀算法，如 Zuker 等针 对最小自由能模型使用动态规划的方法寻找最优结 配对的碱基相遇，形成氢键，同时形成双螺旋结 J 构[山J 此外一些随机模型，如 SCFC[3 构，称为茎，不能配对的碱基区形成无规环被 算法，能对 排斥在双螺旋结构之外，这种简单的二级结构被称 RNA 二级结构进行直观描述，因而受到重视.近年 为 stem-loop 结构，包括发夹环、内环和突起等类 来，机器学习在各领域得到广泛应用，利用基于遗 传算法[4J 、模拟退火算法[町、神经网络[6J 及模糊理 型.有时环上的碱基和环外的碱基配对时形成伪结 结构[9] ，为便于叙述，本文将伪结分为平面伪结和 论[7J 等启发式动态规划方法预测 RNA 的二级结构， 非平面伪结进行讨论.其中，平面伪结和 stem-loop 取得了不错成效，但这些算法计算复杂，且难以预 结构本质上都是嵌套结构，可简化表示成平面图， 测长链 RNA 分子.现有使用人工神经网络解决此 而包含非平面伪结的二级结构图中存在交叉线，属 问题的文献较少，尚未见到将支持向量机算法 (support vec