系统生物学软件（王栋）系统生物学软件-1.pptVIP

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2017-07-15 发布于浙江
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系统生物学软件（王栋）系统生物学软件-1.ppt

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系统生物学软件王栋 wangdong@ BRB-ArrayTools Significance Analysis of Microarrays(SAM) BLAST2GO Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) BRB-ArrayTools Processing expression data from multiple experiments, visualization of data, multidimensional scaling, clustering of genes and samples, and classification and prediction of samples. Single-channel and dual-channel experiments. Implemented as an Excel add-in so that it has an interface that is familiar to biologists. Overview of the software’s capabilities Importing data Gene annotations Filtering, normalization Hierarchical cluster analysis of genes Hierarchical cluster analysis of experiments Survival analysis Class comparison between groups of arrays Significance Analysis of Microarrays Installing the software components The BRB-ArrayTools software and associated files may be downloaded from the BRB website: /BRB-ArrayTools.html Java Runtime Environment, version 1.4.1 or later Existing BRB-ArrayTools users need to upgrade their R to 2.12.0. Excel加载宏当Excel的加载宏成功后，ArrayTools就会显示在窗口顶部的菜单栏中（通常是在帮助栏的右部）。如果ArrayTools没有正常显示，用户可以在“工具”-“加载宏”-“浏览”-“ArrayTools的安装目录”并选择ArrayTools.xla文件。稍后ArrayTools就会被正常显示，此时最好关闭Excel，这样在下次启动Excel处理数据时该设置就会被Excel保存。 Once the Excel add-in is loaded, you will see ArrayTools showing in the menu bar at the top of the Excel screen (usually to the right of Help). If ArrayTools is not shown, then go to Tools ? Add-Ins ? Browse ? C:/Program Files/ArrayTools/Excel (or the Excel folder of your ArrayTools installation folder), and select the ArrayTools.xla file. After a few moments, the ArrayTools add-in will be added to your list of ones available and the box next to it will be checked. It is recommended that you close Excel at this point to save this add-in setting, and restart Excel to begin processing your data. Spotted cDNA arrays| Affymetrix arrays Single-channel experiments GEO: GSE19188 91 tumor and 65 adjacent no